Gimė pasiturinčio ūkininko šeimoje. Baigęs pradžios mokyklą ir pasimokęs pas Kaukėnų parapijos kunigą privačiai, tėvams pageidaujant, dvejus metus mokėsi Berlyno misionierių mokykloje (pasiuntinių seminarijoje), bet iš jos išstojo. 1878–1879 m. tarnavo Vokietijos kariuomenėje Karaliaučiuje. Grįžęs dirbo tėvų ūkyje Aleknaičiuose.

Nuo 1895 m. dirbo J. Šionkės ir Oto fon Mauderodės spaustuvėse, Tilžėje leistų laikraščių korektorius. Susipažino su Tilžės lietuvių visuomenės veikėjais, įsitraukė į tautinį darbą. Nuo 1895 m. Tilžėje leidžiamų lietuvių laikraščių ir žurnalų (1895–1902 m. „Varpo“ ir „Ūkininko“, 1899–1903 m. „Tėvynės sargo“, 1900–1902 m. „Žinyčios“, 1902 m. „Varpo“ priedo „Naujienos“) atsakingasis redaktorius. Buvo oficialus „Varpo“ leidėjas. Jo straipsnius spausdino „Lietuviškas laiškas“ (nuo 1897 m. „Aušra“), 1897–1898 m. „Nauja lietuviška ceitunga“ ir kiti lietuvių periodiniai leidiniai.  1896 m. įsteigė knygyną ir iki 1905 m. intensyviai prekiavo Didžiajai Lietuvai skirta literatūra. Jį gerai pažinojo knygnešiai.

1892 m. su kitais įkūrė Tilžės – Lankos apskrities politinę organizaciją „Lietuviška konservatyvų skyrimo draugystė“, buvo jos veikėjas, sekretorius. Nuo 1900 m. blaivybės draugijos „Lietuvos žvaigždė“ bibliotekininkas. 1893–1898 m. Birutės draugijos pirmininkas. 1901 m. su kitais įsteigė kultūros švietimo draugiją „Lietuvininkų susivienijimas Prūsuose“. XX a. pr. jaunimo draugijose skaitė paskaitas apie lietuvių kultūros istoriją.

1902 m. išleido „Kataliogą lietuviškų knygų gaunamų per J. Lapyną Tilžėje“. Jame užregistravo 364 knygas, 2 albumus, 8 natų sąsiuvinius, 4 periodinius leidinius ir paveikslėlių. Jo bendradarbiai buvo Morta Zauniūtė, Ansas Bruožis, Mikas Banaitis.