Brolis Leonas Butkovskis.
Fotografijos srityje pradėjo dirbti 1888 m. kartu su Frydrichu Martiniu. Jų fotoateljė buvo įsikūrusi Malo Stefanovskajos g. (dabar Šv. Stepono), o 1889 m. persikėlė į Vokiečių g. Tų pačių metų pabaigoje Martinis išvyko iš Vilniaus ir Butkovskis, 1891 m. perkėlęs ateljė į Arklių g. 5 (dabar Bazilijonų), iki 1896 m. dirbo vienas, o 1896–1915 m. su broliu Leonu.
Be darbo fotoateljė Butkovskiai fotografavo Vilniaus architektūrą, įvykius. M. Butkovskis sudarė ir platino savo fotografijų rinkinius „Vilniaus kolekcija“, „Vilniaus vaizdai“. Kartu broliai parengė „Pilies kalno“ (1903–1904), parodos „Vaikas“ (1908) fotografijų aplankus.
Broliai Butkovskiai turėjo Persijos šacho dvaro fotografų titulą. Buvo apdovanoti 4 aukso medaliais, vieną jų pelnė 1895 m. Paryžiaus parodoje, kitą 1902 m. Vilniuje.

Lietuvių, žydų.