Vienas Aukštaitijos antisovietinių partizanų vadų. Pulkininkas (1998 m., po mirties).

1931–1940 m. tarnavo Lietuvos kariuomenės Husarų pulke; viršila. Vokiečių okupacijos metais – Kaišiadorių policijos vachmistras. 1944 m. savanoriu įstojo į Vietinę rinktinę. Prasidėjus antrajai sovietų okupacijai, 1944 m. vasarą tapo partizanu. Musninkų valsčiuje suorganizavo partizanų būrį ir jam vadovavo (nuo 1944 m. rugsėjo pavadintas Didžiosios Kovos rinktine). Vėliau ši rinktinė tapo apygarda. 1945 m. buvo sumanus vadas, geras organizatorius, rūpinosi žvalgyba, sukūrė mobilius kovotojų būrius, kėlusius siaubą okupacinės valdžios pareigūnams. 1944–1946 m. apygarda leido laikraštėlius „Tikruoju keliu“, „Žalia giria“ ir „Nepriklausoma Lietuva“. 1946 m. rugpjūtį, patikėjęs MGB paskelbta žinia apie kuriamą pogrindinį centrą, J. Misiūnas buvo iškviestas į Vilnių ir rugpjūčio 14 d. suimtas. Jo vardu MGB siuntė į apygardą direktyvas ir nurodymus. Manoma, kad 1947 m. jis mirė Butyrkų kalėjime (tardymo metu) iki teisminio nuosprendžio įsigalėjimo. 1997 m. gruodžio 22 d. Pasipriešinimo dalyvių (rezistentų) teisių komisija J. Misiūnui suteikė kario savanorio statusą. 1999 m. gegužės 19 d. LR Prezidento dekretu J. Misiūnas apdovanotas Vyčio kryžiaus 2-ojo laipsnio ordinu (dabar – Vyčio Kryžiaus ordinas Komandoro didysis kryžius), jam suteiktas pulkininko laipsnis.