Lietuvos istorikas, humanitarinių mokslų daktaras. Tėvas Donatas Banionis, brolis Raimundas Banionis. 1972 m. baigė Maskvos istorijos ir archyvų institutą. 1982 m. istorijos mokslų kandidatas, humanitarinių mokslų daktaras.

1974–1985 m. Lietuvos literatūros ir meno archyvo direktorius. Nuo 1985 m. Istorijos instituto mokslinis bendradarbis, Lietuvos Metrikos probleminės grupės vadovas, 1987–1988 m. instituto mokslinis sekretorius, nuo 1992 m. Archeografijos skyriaus vedėjas.

Tyrė Lietuvos Didžiosios kunigaikštystės centrinių valdymo organų, LDK raštinės veiklą, diplomatijos istoriją, Lietuvos Metrikos genezę, archyvistiką, organizavo Lietuvos Metrikos tyrimą ir leidybą, parengė spaudai Lietuvos Metrikos 5-ąją (1993 m.) ir 10-ąją (su A. Baliuliu, 1997 m.) knygas. Apdovanotas Lietuvos mokslo premija (su kitais, 1998 m., po mirties).