Vienas žymiausių lietuvių literatūros tyrinėtojų, kritikų, habilituotas humanitarinių mokslų daktaras, Vilniaus pedagoginio universiteto profesorius, Sąjūdžio laikotarpio politikos ir visuomenės veikėjas.

1956 m. Vilniaus universitete baigė lituanistikos studijas. 1956–1961 m. mokytojavo Varniuose. 1961–1992 m. dirbo Lietuvių kalbos ir literatūros institute. 1975–1982 m. dėstytojavo Vilniaus pedagoginiame institute. Buvo Pasaulio lituanistų bendrijos pirmininkas, 1999 m. jam paskirta Lietuvos nacionalinė kultūros ir meno premija. Dalyvavo Lietuvos politiniame gyvenime – buvo Sąjūdžio Seimo narys.

Literatūros kritikoje dalyvavo nuo 1966 metų. Jis atmetė socialistinio realizmo normatyvines sąvokas, grįsdamas savo rašinius antikonformistinės laikysenos ir moralinio imperatyvumo principais. Remdamasis R. Bartheso, J. Lotmano, A. J. Greimo idėjomis iš esmės modernizavo lietuvių literatūros tyrinėjimo metodologiją. Laikėsi principo, kad interpretuojant kūrinį svarbiausia ne paaiškinti, dėl ko kūrinys yra toks, o atsakyti, ką tas kūrinys reiškia interpretuotojui. Šitaip kritikas įtvirtino nuostatą, kad kūrinio prasmė negali būti vienintelė, universali ir neginčijama. Skirtingiems skaitytojams tas pats kūrinys gali atverti vis kitą prasmę.

A. Zalatorius sudarė lietuvių novelės antologijas „Lietuvių tarybinė novelė“ (1969), „Už saulę gražesnis: Lietuvių ikitarybinė novelė“ (1978), „Žalias laiko vingis: Lietuvių tarybinė novelė“ (1981), „Trys psichiatrai pienių lauke: Lietuvių egzodo novelė“ (1995). Parengė Šatrijos Raganos kūrinių dvitomį (1969), A. Vaičiulaičio rinktinę „Tavo veido šviesa“ (1989), V. Krėvės „Bolševikų invazija ir liaudies vyriausybė“ (1992), „Miglose“ (1993), P. Tarulio „Gyvas stebuklas“ (1993), P. Vaičaičio „Raštus“ (1996). 

Parašė leidinuką „Jonas Biliūnas: medžiaga lektoriui rašytojo 100-osioms gimimo metinėms“ (1979), monografijas „Lietuvių apsakymo raida ir poetika“ (1971), „XX amžiaus lietuvių novelė (iki 1940 m.): semantinis aspektas“ (1980), „Vincas Krėvė: nebaigta monografija“ (2003).

Išleido literatūros kritikos knygas „Prozos gyvybė ir negalia“ (1988), „Literatūra ir laisvė: kritika, esė, pokalbiai“ (1998).

Biografiją parengė Lietuvos dailės muziejaus filialo Lietuvos muziejų informacijos, skaitmeninimo ir LIMIS centras vyr. redaktorė Laura Patiomkinaitė-Čeikė.