Mediko darbą pradėjo ir iki 1915 m. dirbo gydytoju Nemunėlio Radviliškyje ir Skaistkalnėje. Čia susipažino su mokytoja Ona Putniekaite ir ją vedė. Pirmojo pasaulinio karo metais Mikelėnai evakavosi į Rusiją.

Jokūbas dirbo komitete nukentėjusiems nuo karo pabėgėliams šelpti, po to – sanatorijos vedėju Jaltoje. 1920 m. grįžęs į Nepriklausomą Lietuvą apsigyveno Biržuose ir ėjo ligoninės vedėjo pareigas. Jam vadovaujant ligoninė buvo sutvarkyta ir išplėsta, joje viešpatavo pavyzdinga tvarka. Čia jis pasireiškė ir kaip gabus chirurgas. Su kantrumu ir pasiryžimu kartais atlikdavo kelias operacijas per dieną. Dėl savo ramumo ir giedrios nuotaikos, buvo tikra palaima ir viltis ligoniams. Kaip legenda ir dabar tebeskamba jo tuo laiku atlikta apendicito operacija dainuojant operuojamajai ir jam, chirurgui pritariant. Iš neturtingųjų, ar dėl kitų priežasčių, neturinčių pinigų atlyginti už operaciją ar gydymą, nė nereikalaudavo susimokėti.

Tobulinosi Rygos, Stokholmo ir Berlyno chirurginėse klinikose pas tuo metu žinomus specialistus. Vienas iš Likėnų-Smardonės dumblo vonių ir mineralinių vandenų kurorto įsteigėjų. Aktyvia veikla pasižymėjo ir žmona, Biržų gimnazijos mokytoja, kuri daug prisidėjo Biržuose plečiant socialinę globą, buvo ir aktyvi Reformačių moterų draugijos veikėja.

Lietuvos evangelikų reformatų Sinode 1920 m. jis išrinktas kuratorium, o 1923 m. – Lietuvos evangelikų reformatų Bažnyčios Sinodo Kolegijos prezidentu. Ant jo pečių buvo užgulę kasmetinių Bažnyčios Sinodų organizavimo ir kiti svarbūs darbai. Ypač reikšmingas buvo Bažnyčios Sinodas 1940 m. pradžioje Vilniuje, kuriame Vilniaus kraštui perėjus į Lietuvos sudėtį, šio krašto evangelikai reformatai vėl įsijungė į Lietuvos evangelikų reformatų Bažnyčią.

Biržuose reformatų „Radvilos“ draugija jį išrinko garbės nariu. Buvo Biržų apskrities seimelio, miesto valdybos ir kelių kitų organizacijų narys.

Spaudoje pradėjo reikštis nuo 1910 m. Rašė laikraščiuose ir žurnaluose medicinos, sveikatos ir visuomeniniais klausimais. 1922 m. laikraščio „Biržų žinios“ steigėjas ir nuo 1922 m. iki 1924 m. pabaigos – jo redaktorius. Už nuopelnus Tėvynei Lietuvos prezidento apdovanotas ordinu.