Lietuvos zoologas, entomologas dipterologas (dvisparnių tyrinėtojas). Gimė 1958 m. birželio 15 d. Staškūniškyje (Anykščių r.), mirė 2006 m. vasario 21 d.
1976 m. baigė tuometinę Jonavos 3-iąją vidurinę mokyklą, o 1985 m. – Vilniaus universiteto Gamtos fakultetą.

Kurį laiką dirbo Jonavos baldų kombinate, po to tarnavo sovietinėje kariuomenėje. Grįžęs iš jos, lankė parengiamuosius kursus, rengėsi stoti į Vilniaus universitetą. Domėjosi gamta, augalija (nors labiau jį traukė smulkioji gyvūnija). Susipažino su Zoologijos ir parazitologijos instituto tuometinio Bestuburių zoologijos sektoriaus darbuotojais.
Nuo 1979 m. iki 1989 m. Lietuvos Mokslų akademijos Zoologijos ir parazitologijos instituto laborantas, vyresnysis laborantas, jaunesnysis mokslinis bendradarbis; nuo 1990 m. Ekologijos instituto asistentas, mokslinis bendradarbis. 1994 m. Ekologijos institute (Vilniuje) apgynė gamtos mokslų daktaro disertaciją „Lietuvos minuojantieji dvisparniai vabzdžiai” (mokslinis vadovas V. Jonaitis), gamtos mokslų daktaras.
Vilniaus universiteto Ekologijos instituto mokslo darbuotojas, Lietuvos entomologų draugijos narys.
Aprašė Lietuvos minuojančių dvisparnių vabzdžių fauną, išaiškino daugelio rūšių mitybinę specializaciją, rajoninį ir stacinį pasiskirstymą, daugiametę ir sezoninę gausumo, trofinių ryšių bei stacinio pasiskirstymo dinamiką.
Parašė knygą „Augalus minuojantys vabzdžiai“ (1985, su kitais autoriais. Leidinių „Žuvinto rezervatas“ (1993, rusų k.), „Lietuvos valstybinių rezervatų flora ir fauna“ (1997) bendraautoris.
Paskelbė mokslinų straipsnių. Dalyvavo daugelyje mokslinių ekspedicijų Lietuvoje, Latvijoje, Baltarusijoje ir kt.

S. Pakalniškis pirmą kartą aprašė naujas mokslui minamusių rūšis:
    Minamusė (Liriomyza labanoro). Rūšį 1992 m. aprašė pagal Švenčionių raj. Rudiškėse pagautą pavyzdį.
    Minamusė (Liriomyza lituanica). Rūšį 1992 m. aprašė pagal Ignalinos raj. Antagavėje pagautus pavyzdžius.
    Minamusė (Pseudonapomyze stanionyteae). Rūšis aprašyta iš Ignalinos r., kur 1988 m. ją pagavo A. Stanionytė.

ir kt.

Biografiją parengė Lietuvos dailės muziejaus filialo Lietuvos muziejų informacijos, skaitmeninimo ir LIMIS centro duomenų klasifikavimo specialistė Jurgita Komarovskytė.