1988 m. rugpjūčio 15 d. pasirodė pirmasis „Alytaus sąjūdžio“ numeris. Alytus aplenkė visus miestus išleisdamas sąjūdžio laikraštį, išskyrus Vilnių ir Kauną. 1988 metais tai buvo vienintelis naujas periodinis leidinys Dzūkijoje. Kaip ir daugelis kitų Lietuvos persitvarkymo sąjūdžio periodinių spaudinių, jis buvo spausdinamas dauginimo būdu. Pirmieji laikraščio numeriai buvo spausdinami nelegaliai, nes vietos valdžia nedavė sutikimo jam leisti. Laikraštis buvo spausdinamas ne Alytuje, todėl jo savikaina buvo pakankamai didelė: 40-70 kapeikų. Pirmieji numeriai leisti 1000 egz. tiražu, vėliau – 1650 egzempliorių, o 1989 m. pasiekė ir 7000 egz. tiražą. 1988–1989 m. leidinių tiražą nustatyti sunku, nes jų paklausa buvo milžiniška.1988 metais laikraštis buvo 4-8 puslapių, 1989 metais 4-12 puslapių.

1988–1989 m. tai buvo svarbiausias Alytaus laikraštis, įdomesnis ir aktualesnis už tuometinį komunistų partijos oficiozą „Komunistinį rytojų“. Paskutinis „Alytaus sąjūdžio“ numeris (47) išėjo 1989 m. gruodžio 11 d.

Pirmąjį „Alytaus sąjūdžio“ numerį parengė Linas Jakštonis, Laima Stankevičiūtė ir Vytautas Stanionis, o redkolegiją sudarė LPS Alytaus iniciatyvinė grupė. Pirmųjų aštuonių numerių redaktoriumi buvo Vytautas Stanionis, vėlesnių numerių – Linas Jakštonis.

„Alytaus sąjūdis“ įžanginiame žodyje žadėjo nuolat informuoti apie Sąjūdžio kovą už viešumą, demokratiją, Lietuvos suverenitetą.

Laikraštį antradieniais ir ketvirtadieniais buvo galima įsigyti redakcijos būstinėje – Alytaus Dailės mokykloje.