Vilniaus universiteto Medicinos fakultete muziejus buvo įkurtas 1989 metais. Čia eksponuojama įvairios paskirties ir skirtingų istorinių laikotarpių chirurgijos bei kita medicinos įranga ir aparatūra, Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto profesorių ir dėstytojų asmeninės kolekcijos, fotoikonografinė medžiaga, vaistų kolekcijos ir kt. Įrengtas vieno iš buvusių Medicinos fakulteto dekanų – profesoriaus Salezijaus Pavilonio kampelis, kuriame sukurta jo kabineto darbinė aplinka, saugoma senos ikikarinės kartos spausdinimo mašinėlė, rašymo priemonės, kiti asmeniniai jo daiktai.

Vienas seniausių muziejaus eksponatų – prieš 300 metų (1699 m.) Leipcige išleista P. Verheyven medicinos knyga „Corporis humani anatomia…“. Muziejuje taip pat saugomas itin retas Maršalo Jozefo Pilsudskio smegenų tyrimą apibūdinantis leidinys ir nuotraukų albumas.