Vinco Kudirkos muziejus yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Pradžią muziejui davė Kudirkos Naumiesčio vidurinės mokyklos jaunųjų istorikų būrelio surinkti eksponatai. Laikui einant jiems ėmė trūkti vietos, visuomenės susidomėjimas „Tautiškos giesmės“ autoriumi augo, todėl buvo sumanyta pastatyti Vinco Kudirkos muziejui atskirą pastatą. Jis iškilo namo, kuriame gyveno V. Kudirka, vietoje. Čia poetas 1898 m. sukūrė Lietuvos himną – „Tautišką giesmę“.

Vinco Kudirkos muziejaus ekspozicija supažindina su Lietuvos himno autoriumi V. Kudirka ir miesteliu, kuriame jis praleido paskutiniuosius savo gyvenimo metus. Kartu tai ir pasakojimas apie XIX a. antrąją pusę, kai Lietuva, būdama Rusijos imperijos sudėtyje, pradėjo savo kelią į tautinį atgimimą.

Lankytojui pristatoma gydytojo, rašytojo V. Kudirkos (1858–1899) veikla, jo leistas politikos, literatūros ir mokslo laikraštis „Varpas“, taip pat pasakojama apie asmeninį gyvenimą, kurio paskutinį tarpsnį jis nugyveno Naumiestyje. Tad apsilankymas muziejuje drauge yra ir kelionė po Suvalkijos kraštą, išskirtinį jo pasienio miestelį Kudirkos Naumiestį.

Čia taip pat pristatomas unikalus knygnešystės fenomenas ir knygnešių veikla, spaudos draudimo laikotarpiu (1864–1904) išsaugojusi lietuvišką žodį.

Gedimino pilies bokštas yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Tai iki mūsų dienų neišlikusios Vilniaus Aukštutinės pilies dalis. Savo istoriją bokštas skaičiuoja nuo XIV a. pradžios. Pirmoji jo paskirtis buvo gynybinė. Keičiantis amžiams keitėsi ne tik paskirtis, bet ir išvaizda. Po Antrojo pasaulinio karo bokštas atstatytas, kiek vėliau Gedimino pilies bokštas pritaikytas ir  muziejinėms reikmėms. Šiandien Gedimino pilies bokšte įrengta ekspozicija, kurioje eksponuojami Vilniaus pilių rekonstrukcijos modeliai, ginkluotė ir senojo Vilniaus ikonografika. Lankytojai kviečiami užlipti į bokšto viršų ir iš apžvalgos aikštelės pasigėrėti atsiveriančiomis Vilniaus panoramomis.

Šis bokštas yra ir lietuvių tautos kovų už nepriklausomybę ir valstybingumą simbolis. Jo viršuje visada plevėsuoja Lietuvos vėliava, pirmą kartą iškelta 1919 m. sausio 1 dieną.

Jono Basanavičiaus gimtinė yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Jonas Basanavičius (1851–1927) – lietuvių tautinio judėjimo veikėjas ir ideologas, mokslininkas, gydytojas, 1918 m. vasario 16-osios Nepriklausomybės akto signataras. Pagrindinė dabartinio muziejaus ekspozicija veikia J. Basanavičiaus tėvams priklausiusioje sodyboje, kuri buvo atkurta 1991 m.: atstatytas gyvenamasis namas ir klėtis, karvidės, kluonas ir rūsys. Šalia sodybos augantis Lietuvos tautinio atgimimo ąžuolynas užima 40 hektarų plotą, čia auga daugiau negu 8 tūkstančiai ąžuolų.

Kazio Varnelio namai-muziejus yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Pačiame Vilniaus senamiesčio centre, šalia Rotušės, esantys XV a. pr. gotikiniai pastatai – vieni iš seniausių išlikusių to laikotarpio mūrinių pastatų mieste. Jie vadinami Mažosios gildijos ir Masalskio namais. 1993 m. Vilniaus miesto taryba buvusį Mažosios gildijos pastatą perdavė Lietuvos nacionalinio muziejaus žiniai, kad jame čia būtų įkurti Kazio Varnelio (1917–2010), padovanojusio Lietuvai itin vertingą 50 metų kauptą meno kūrinių ir kitų vertybių kolekciją, namai-muziejus. Dabar tai pirmasis Lietuvoje kaip muziejus veikiantis kolekcininko namas. Čia galima išsamiai susipažinti ne tik su K. Varnelio kūryba, jo surinktomis dailės kūrinių, baldų, žemėlapių bei spaudinių kolekcijomis, bet ir su autentiškomis pastato vidinėmis patalpomis. Pirmojo aukšto skliautai yra gotikiniai, rūsių gotikiniai kryžminiai ir cilindriniai skliautai dekoruoti XVIII a. tapyba. Pastato viduje yra išlikę daug autentiškų senosios architektūros detalių – nišų, langų, durų angų. Viduje muziejus primena gyvenamąjį namą.

Naujasis arsenalas yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Muziejus čia veikia nuo 1968 metų. Šis statinys yra vienas seniausių Vilniaus pilių komplekse, išlikęs iš XIV amžiaus. Tada čia stovėjusio mūrinio pastato išorinė siena buvo kartu ir pilies gynybinė siena. XVI a. tai buvo ilgas vieno aukšto mūrinis pastatas. Jo rytinėje dalyje stovėjo aukštas bokštas – „švyturys“, kuris šviesdavo Nerimi plaukiančioms baržoms. XVII–XVIII a. šiame pastate buvo Lietuvos didžiojo kunigaikščio dvaro tarnautojų namai ir ūkiniai pastatai, veikė Pilies jurisdikcijos teismas ir administracija. XVIII a. antroje pusėje pastatas buvo pritaikytas kareivinėms ir pavadintas Naujuoju arsenalu. Nuo to laiko pastato išorė iki mūsų dienų beveik nepasikeitė, tik XIX a. pradžioje fasado centre buvo pristatytas kolonų portikas. Dabar tai – pagrindinis įėjimas į muziejų.

Senasis arsenalas yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Pasak archeologų, dabartinio Senojo arsenalo vietoje pilies arsenalas stovėjo jau XV amžiuje. Bėgant laikui jis sunyko, buvo atstatytas XVI–XVII a., carinės Rusijos laikais pritaikytas caro armijos artilerijos sandėliui, kareivinėms ir karininkų butams. XX a. pastatas buvo vėl perstatytas, dalis sugriauta per Antrąjį pasaulinį karą.

1997 m. šis arsenalas buvo atkurtas ir pritaikytas Lietuvos nacionalinio muziejaus reikmėms. Šiandien čia veikia Lietuvos archeologijos ekspozicija „Lietuvos proistorė“, kurioje pristatoma daugiau kaip 4 tūkstančiai archeologinių radinių. Tai unikalūs baltų kultūros pavyzdžiai, reprezentuojantys Lietuvos kultūrą nuo pirmųjų gyventojų pasirodymo šalies teritorijoje XI tūkstantmetyje pr. Kr. iki Lietuvos valstybės susidarymo XIII amžiuje.

Signatarų namai yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Jis yra istorijos ir architektūros paminklas. Pirmosios žinios apie šį pastatą randamos 1645 metais. Namas priklausė įvairiems šeimininkams, jo išvaizda ne kartą keitėsi. Kadaise čia veikė parduotuvė, smuklė, auksakalio dirbtuvė, kavinė, įrengtuose butuose gyveno amatininkai, pirkliai, mokytojai. 1914 m. rugsėjo mėnesį vienas trečiojo aukšto butas buvo išnuomotas Lietuvių draugijai nukentėjusiems dėl karo šelpti. 1918 m. vasario 16 d., šiose patalpose posėdžiavusi Lietuvos Taryba pasirašė Lietuvos Nepriklausomybės Aktą. Lenkijai okupavus Vilnių, čia buvo Lietuvos labdarybės draugijos būstinė. Šiame bute nuo 1928 m. gyveno iškilūs valstybės, visuomenės ir kultūros veikėjai Povilas Karazija, Antanas Krutulys, Vincas Žilėnas. Po Antrojo pasaulinio karo kambaryje, kuriame buvo pasirašytas Lietuvos Nepriklausomybės Aktas, buvo įrengtas vieno kambario butas.

1992 m. buvo nutarta šiame name įkurti Lietuvos Nepriklausomybės Akto signatarų namus. Šiandien čia veikia ekspozicija, plėtojamos kitos muziejinės veiklos, Signatarų namų salėje organizuojami įvairūs valstybei svarbių datų paminėjimai bei kiti renginiai.

Vilniaus gynybinės sienos bastėja yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Besikurianti Rusijos valstybė XV–XVI a. pradėjo kelti grėsmę Lietuvai, tad miesto saugumui užtikrinti 1503 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Aleksandras patenkino Vilniaus gyventojų prašymą išmūryti miesto gynybinę sieną. Kaip sudėtinė šios sienos dalis XVII a. pradžioje Bokšto kalne, šalia Subačiaus vartų, buvo pastatyta bastėja. Tai – įtvirtintas žemių ir mūro gynybinis fortifikacinis statinys. Jį sudaro bokštas, artilerijai skirta pasaginė dalis ir juos jungiantis tunelis. Spėjama, kad Vilniaus gynybinės sienos bastėjos projekto autorius yra karo inžinierius Frydrichas Gedkantas.

XVII a. vykusio karo su Maskva ir XVIII a. Šiaurės karo metais bastėja stipriai nukentėjo ir, einant laikui, neteko savo gynybinės funkcijos. XIX a. carinės Rusijos valdžios nurodymu didžioji dalis gynybinių įtvirtinimų, tarp jų ir bastėjos likučiai, buvo nugriauti, o jos grioviai ir mūrai užpilti. 1966 m. čia darbo ėmėsi archeologai ir architektūros tyrėjai, buvo pradėti Vilniaus gynybinės sienos bastėjos atstatymo darbai. 1987 m. bastėjos patalpose pradėjo veikti muziejus.

Buvusi areštinė yra Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys, muziejinėms reikmėms pradėtas naudoti 2019 metais. Neries ir Vilnios upių santakoje, T. Kosciuškos gatvėje, įsikūręs 1 numeriu pažymėtas pastatas – tai buvusi areštinė. Paskutiniai sulaikytieji iš jos išėjo 2019 m. rugpjūtį. Seniau šis pastatas buvo dvarvietės teritorijoje ir priklausė Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didikams Chodkevičiams, Sanguškoms, Chodasevičiams bei kelioms kitoms didikų šeimoms. XIX a. pr. carinė Rusijos valdžia dvarvietę ir joje buvusius pastatus nusavino. 1831 m. sukilimo laikotarpiu ši teritorija buvo carinės valdžios suformuotos karinės tvirtovės dalis, čia veikė kareivinės. Vėliau 80 metų šiame pastate buvo politinių kalinių areštinė, kurioje kalėdavo valdžiai nepaklusę Abiejų Tautų Respublikos gyventojai. Jame buvo įrengtos 33 kameros, 9 karceriai, patalpos, skirtos prižiūrėtojams ir sargybiniams, bei areštinės viršininko butas. Žinoma, kad 1863–1864 m. areštinėje kalėjo daugiau negu 1000 žmonių. Vėliau, kai Pirmojo pasaulinio karo pradžioje carinės Rusijos kariškiai iš Vilniaus pasitraukė, čia buvo kalinami karo nusikaltėliai, nuo 1995-ųjų iki 2019 m. veikė Vilniaus miesto vyriausiojo policijos komisariato areštinė.

Parodų erdvė „Istorijų namai“ – pats naujausias ir moderniausias Lietuvos nacionalinio muziejaus padalinys. Jis įsikūręs pastate, kurio istorija siekia XVIII amžių. Kadaise šioje vietoje stovėjo LDK kariuomenės generolui Jonui Antanui Horainiui priklausiusi smuklė, mūriniai ir mediniai gyvenamieji bei ūkiniai pastatai. Vėliau, Lietuvai esant Rusijos imperijos sudėtyje, čia iškilo kareivinės. Sovietmečiu buvusių kareivių korpuse veikė internatinė mokykla. Lietuvos nacionaliniam muziejui ji atiteko po 1990 metų. Sutvarkytame, restauruotame pastate 2021-aisiais metais atvertas naujas muziejaus padalinys – Istorijų namai.

Istorijų namų parodų erdvė išsidėsčiusi dviejuose šio istorinio pastato aukštuose. Didžioji paroda lankytojams pristatoma pirmajame aukšte, o mažoji – antrajame. Čia įkurdintas parodas visuomet lydi įvairaus amžiaus grupėms pritaikyti edukaciniai užsiėmimai.

Pastato cokoliniame aukšte įrengta saugykla-ekspozicija. Joje saugomi XVIII–XX a. I p. lietuvių liaudies architektūros, interjero, darbo įrankių rinkiniai. Specialių ekskursijų metu lankytojai čia gali susipažinti su ryškiausiais Lietuvos etnografijos eksponatais, kurių kiekvienas turi savo ypatingą vietą.

Pilininko namas – naujausias Lietuvos nacionalinio muziejaus ekspozicinis padalinys, pristatantis Lietuvos istoriją, kultūrą ir prie šalies raidos prisidėjusius žmones, taip pat supažindinantis lankytojus su esminėmis Lietuvos identitetą formavusiomis idėjomis.

Pilininko name esančioje ekspozicijoje „Suprasti Lietuvą“ lankytojai galės ne tik apžiūrėti eksponatus, bet naudodamiesi  įdiegtais naujais technologiniais sprendimais ir patys kurti. Pagrindinę Pilininko namo ekspoziciją papildo rūsiuose pristatomas pasakojimas apie pilininko amatą, pilininkystę, akmentašystę ir Vilniaus miesto, koks jis buvo prieš 200 metų, istoriją.