Joniškio istorijos ir kultūros muziejus įkurtas 1989 metais. Šiuo metu jame veikia etnografijos, archeologijos ir sakralinė ekspozicijos, kurios reprezentuoja muziejuje sukauptą ir saugomą Žiemgalos krašto istorijos, archeologijos, etninės kultūros, tautodailės ir sakralinio meno paveldą. Čia galima apžiūrėti senosios Žiemgalos buities ir karybos reliktus, žiemgališkos aprangos rekonstrukcijas, sužinoti įdomiausius istorijos faktus nuo seniausių laikų iki šiandienos.
Muziejuje vykdomas menininkų ir mokslininkų, kilusių iš Joniškio krašto, darbų populiarinimas. Čia dažnai rengiamos dailės ir liaudies meno parodos, vyksta amatų dienos, rengiami plenerai. Muziejaus darbuotojai organizuoja ekskursijas po Joniškio rajono ir miesto istorinius objektus. Siekdamas išsaugoti istorinę praeitį, muziejus nuolat organizuoja kraštotyros ekspedicijas Joniškio rajone. Muziejuje taip pat organizuojama švietėjiška veikla istorine tematika, rengiami edukaciniai užsiėmimai, vykdoma leidybinė veikla.
Joniškio istorijos ir kultūros muziejui priklauso šie padaliniai: Joniškio Baltosios ir Raudonosios sinagogų kompleksas, Mato Slančiausko sodyba-muziejus, Rudiškių muziejus.
