Emilijos Pliaterytės muziejus yra Lazdijų krašto muziejaus padalinys. Jis buvo pradėtas kurti 1984 m. Kapčiamiesčio vidurinėje mokykloje, 2006 m. jam suteiktas karžygės Emilijos Pliaterytės (1806–1831) vardas. 1831 m. sukilimo kapitonė prieš carinės Rusijos priespaudą paskutines savo gyvenimo dienas praleido netoli Kapčiamiesčio esančiame Justinavo dvare. 1831 m. būdama 25-erių mirė ir slapta palaidota senosiose Kapčiamiesčio kapinėse. 

Šiuo metu muziejuje veikia keturios ekspozicijos, kurių pati didžiausia skirta 1831 m. sukilimo kapitonei, grafaitei Emilijai Pliaterytei. Etnografinė ekspozicija atspindi XX a. pradžios Kapčiamiesčio tradicinę kultūrą, buitį. Ekspozicijoje esančios trobos langelis mena XX a. pradžios Lietuvos–Lenkijos pasienyje gyvenusio pasienio policininko šeimos istoriją. Kita muziejaus ekspozicija skirta iš Kapčiamiesčio apylinkių kilusiems žymiems žmonėms: kompozitoriui Česlovui Sasnauskui (1867–1916), liaudies dainų atlikėjai Veronikai Povilionienei, pirmajai LTV diktorei Gražinai Bigelytei-Bulavienei (1938–2009) ir kt. Atskira ekspozicija skirta inžinieriui, keliautojui, fotografui, ekspedicijų į Sibiro tremties vietas pradininkui, bendrijos „Lemtis“ įkūrėjui Antanui Sadeckui.

Laisvės kovų muziejus yra Lazdijų krašto muziejaus padalinys. Jis pradėtas kurti 1992 m. Lazdijų rajono tremtinių, partizanų, politinių kalinių ir jų artimųjų iniciatyva. Laisvės kovų muziejus įkurtas taip vadinamame baltajame Petrauskų name, kuriame veikė NKVD, KGB ir kitos struktūros. Pastato rūsyje išlikusios autentiškos kovojusiųjų už Lietuvos laisvę kankinimo kameros – jose pasitelkus šiuolaikines technologijas išsaugoti prisiminimai ir perteiktas mūsų žmonių patirtas siaubo jausmas. Dviejuose pastato aukštuose itin atidžiai, saugant ir puoselėjant istorinę atmintį, įrengtos interaktyvios visus įtrauksiančios ekspozicijos. Girdimi garsai, istorijos, pokario dainos, sendintuose veidrodžiuose matomi persipinantys praeities ir dabarties vaizdai gniaužia kvapą ir nepalieka abejingų. Muziejaus ekspozicijos lankytojus apgaubia dramatiškus įvykius menančiais eksponatais, garsais, istorijomis.

Veisiejų krašto muziejus yra Lazdijų krašto muziejaus padalinys. Jis buvo įkurtas 1998 m. vasario 16 d., pačiame miesto centre, Benjamino Rudo XX a. pradžioje statytame name. Muziejaus lankytojai supažindinami su žymiais Veisiejų krašto žmonėmis (kompozitoriumi Juozu Neimontu, tarptautinės esperanto kalbos kūrėju Liudviku Lazariu Zamenhofu, poetu Sigitu Geda), trėmimais, partizaniniu judėjimu, Veisiejų krašto švietimo raidos istorija. Muziejuje eksponuojama didelė etnografijos ekspozicija.

Motiejaus Gustaičio memorialinis namas-muziejus yra Lazdijų krašto muziejaus padalinys. Jis buvo įkurtas 1990 metais. Šiame name 1924–1927 m. gyveno Dzūkijos krašto švietėjas, dvasininkas, poetas, simbolizmo pradininkas, rašytojas, muzikologas ir kalbininkas, vertėjas iš lotynų, prancūzų, lenkų, rusų, vokiečių kalbų, pedagogas, filosofijos daktaras, pirmojo lietuviško „Stilistikos“ vadovėlio autorius – Motiejus Gustaitis (1870–1927). 

Restauruotas pastatas pritaikytas lankytojams, įrengtos ekspozicijos su modernia vaizdo, garso, kompiuterine bei ekspozicijų įranga, baldais. Ekspozicijoje rodomos nuotraukos, knygos, laiškai, prisiminimai, pasakojantys apie M. Gustaičio gyvenimą ir kūrybą.