Muziejus įsikūręs pastate, kuriame beveik pusę amžiaus veikė sovietinės saugumo tarnybos (KGB). Buvęs KGB vidaus kalėjimas – svarbiausia ekspozicijos dalis. Lankytojai gali apžiūrėti išlikusias kameras, karcerius, kalinių pasivaikščiojimo kiemelius, mirties nuosprendžių vykdymo patalpą. Kitos ekspozicijos pasakoja apie 1940 m. Lietuvos okupaciją ir aneksiją, sovietų valdžios vykdytas represijas, Lietuvos gyventojus lageriuose ir tremtyje, 1944–1953 m. vykusį organizuotą partizaninį pasipriešinimą, represinių struktūrų veiklą ir neginkluotąjį antisovietinį pasipriešinimą.

Muziejaus tikslas – dabartinei kartai priminti, o ateinančioms – papasakoti apie sunkius ir tragiškus Lietuvai ir jos žmonėms okupacijų metus.

Muziejaus pastate okupacinių valstybių įstaigos veikė beveik šimtą metų. XIX a. pabaigoje neoklasicistiniai rūmai buvo pastatyti carinės Rusijos Vilniaus gubernijos teismams. Sovietų okupacijos metais (1940–1941, 1944–1990) pastatas priklausė sovietų represinėms institucijoms NKVD ir NKGB (MGB, KGB), nacių okupacijos laikotarpiu (1941–1944) jame šeimininkavo gestapas. 1940 m. rudenį pastato pusrūsyje buvo įrengtas kalėjimas. Kalėjime tardymo metu iki teismo buvo kalinami antisovietinio pasipriešinimo dalyviai, kitaminčiai, kovotojai už žmogaus teises. 1944–1947, 1950–1952 ir 1956–1969 m. specialiai įrengtoje patalpoje buvo vykdomi mirties nuosprendžiai. 

Šiandien kalėjimas yra toks, kokį jį paliko saugumiečiai, 1991 m. rugpjūčio mėn. išsikraustydami iš pastato. Dabartinis kalėjimo vaizdas menkai teprimena tą, kuriame buvo kankinami pokario kaliniai, kai po kankinimų jie buvo prižiūrėtojų tiesiog įtempiami į kamerą, nes patys nebepajėgė paeiti.

Muziejus turi du padalinius – Tuskulėnų rimties parko memorialinį kompleksą ir Druskininkų rezistencijos ir tremties muziejų.