Muziejus kviečia susipažinti su Vilniaus universiteto akademinio, kultūros ir mokslo paveldo vertybėmis. Pagrindinės muziejaus ekspozicijos yra įrengtos trijose Šv. Jonų bažnyčios koplyčiose ir varpinėje (įėjimas per Universiteto g. 3 vartus).
Senojoje zakristijoje lankytojai gali pamatyti studijų programas, studentų dienotvarkes, knygas ir kitus daiktus, susijusius su Vilniaus universiteto veikla XVI–XVIII amžiuje. Tarp Vilniaus universiteto muziejaus eksponatų, svarbių Lietuvos istorijai, yra pirmoji lietuviška knyga, išleista Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje „Postilla catholicka“, (Mikalojus Daukša, 1599), „Trijų kalbų žodynas“ (Konstantinas Sirvydas, 1713), poezijos rinkinys „Lyricorum libri IV“ (Motiejus K. Sarbievijus, 1632), „Artis magnae artilleriae pars prima“ (Kazimieras Simonavičius, 1650), „Historiae Litvanae pars prior“ (Albertas Vijūkas-Kojalavičius, 1650).
Daug lankytojų susidomėjimo sulaukiantis objektas – Šv. Jonų bažnyčios varpinė. Jos eksponatai pasakoja apie tai, kad nuo pat įsteigimo 1579 m. Vilniaus universitetas buvo europietiškas. Ilgą laiką tai buvo toliausiai į Šiaurės rytus Europoje nutolęs katalikiškas universitetas ir viena seniausių aukštojo mokslo įstaigų Vidurio Europoje.
Antrajame varpinės aukšte įrengta Leono Fuko švytuoklė, kuri demonstruoja Žemės sukimąsi. Laiptais arba liftu galima pakilti į apžvalgos aikštelę, iš kurios atsiveria nepakartojama Vilniaus panorama.
Vilniaus universitete taip pat esama kitų fakultetų muziejų, kolekcijų (Zoologijos, Herbariumo, Matematikos, Fizikos, Chemijos, Medicinos, Geologijos).
