Ernstas Mollenhaueris gimė 1892 m. Rytprūsiuose, Tapiau (Tepluva, dabar Gvardeiskas). Studijavo Karaliaučiaus universitete dailę. Pirmą kartą apsilankė Kuršių nerijoje 1913 m., susipažino su dailinkų grupės „Tiltas“ atstovu ekspresionistu Maxu Pechsteinu, kuris padarė didelę įtaką jo kūrybai ir visai Nidos dailininkų kolonijos raidai. Dalyvavo Pirmajame pasauliniame kare. Po karo tesė studijas. 1920 m. vedė Nidos H. Blode's viešbučio savininko dukrą, o 1923 m. tapo viešbučio šeimininku. Jo dėka 3–4 dešimtmetyje suklestėjo Nidos dailininkų kolonija. Karo pabaigoje dėl gręsiančios sovietų sąjungos okupacijos, kaip ir kiti Rytprūsių gyventojai, pasitraukė į Vokietiją, apsigyveno Diuseldorfe. 1950 m. persikėlė į Ziulto (Sylt) salą. Tapė Kuršių nerijos motyvus iš atminties. Mirė 1963 m. ir palaidotas Ziulto saloje, Keitumo kapinėse.