Nepriklausomos Lietuvos krašto apsaugos ministras, valstybės ir politikos veikėjas. Gimė 1890 m. sausio 1 d. Marijampolės apskrities Puskepurių kaime. Baigęs Marijampolės gimnaziją, studijavo Maskvos universiteto Teisės fakultete. Likimą pakeitė Pirmasis pasaulinis karas: buvo pašauktas į Rusijos kariuomenę. Baigė Maskvos Aleksejaus karo mokyklą. Tarnavo pėstininkų pulke, o po Spalio revoliucijos (1917) išvyko į Šiaurės Kaukazą. 1919 m., Kaukazą užėmus bolševikams, buvo mobilizuotas į armiją.

1919 m. pabaigoje grįžo į Lietuvą ir tuoj pat įstojo į Lietuvos kariuomenę. Gynė Lietuvą nuo Lenkijos kariuomenės. 1919–1920 m. buvo paskirtas valstybės gynėjo padėjėju kariuomenės teisme, surašė kaltinamąjį aktą P. O. W. (Polska Organizacja Wojskova) ir buvo bylos kaltintojas. Nuo 1921 m. J. Papečkys dirbo Krašto apsaugos ministerijoje – juriskonsultu, ministro padėjėju, o 1926-06-15–1926-12-17 Mykolo Sleževičiaus ministrų kabinete buvo krašto apsaugos ministras. Baigęs darbą Vyriausybėje, porą metų advokatavo Kaune. Nuo 1929 m. – Valstybės Tarybos narys, nuo 1938 m. – pirmininko pavaduotojas. Dirbdamas Valstybės Taryboje, dalyvavo rengiant malonės įstatymą, baudžiamąjį kodeksą, valstybinės tarnybos įstatymą ir kt.

Tarybų okupacinė valdžia J. Papečkiui buvo negailestinga – 1941 m. išvežė jį į Sevurallago lagerį, o 1942 m. sušaudė Sverdlovske.