1925 m. baigė Rokiškio Juozo Tumo-Vaižganto gimnaziją ir įstojo į Prahos aukštąją technikos mokyklą (Čekijos technikos universitetas), kurioje įgijo geodezijos inžinieriaus kvalifikaciją. 

Nuo 1932 m. – Kauno Vytauto Didžiojo universiteto geodezijos katedros asistentas. 1933–1935 m. taip pat dirbo Kėdainių Aukštesniosios kultūrtechnikų mokyklos fotogrametrijos ir kadastro mokytoju.

Geodezijos ir miestų tvarkymo bei aerogeodezijos temomis rašė leidiniuose „Matininkų ir Kultūrtechnikų balsas“, „Savivaldybė“, „Žemėtvarka ir melioracija“, „Technika ir ūkis", „Kosmosas“, čekų geodeziniame žurnale „Zemeričsky Vestnik“.

XX a. 4 deš. įvykdė Kauno precizinę niveliaciją ir praplėstos miesto teritorijos trianguliaciją.

Nuo 1956 m. iki 1974 m.  dirbo Vandens ūkio institute.

Jonas Deksnys domėjosi Lietuvos istorija, etnografija, gamta. Istorijos, kultūros, gamtos ir architektūros paminklus fotografuodavo, fiksuodavo piešiniuose ir brėžiniuose.