Jonas Žemaitis gimė 1909 m. kovo 15 d. Palangoje, grafo Felikso Tiškevičiaus tarnautojo šeimoje ir pakrikštytas Jonu tėvo garbei. Vėliau Žemaičių šeima persikėlė į Lomžą, todėl lankyti mokyklą mažasis Jonukas pradėjo Lenkijoje, ten pramoko ir lenkų kalbos. Užklupus Pirmajam pasauliniam karui, 1917 m. Žemaičių šeima grįžo į Šiluvos valsčiaus Kiaulininkų kaimą. Jau po metų dėl sunkios padėties šeimai teko išsikraustyti į Raseinius. Raseinių gimnazijoje baigęs šešias gimnazijos klases, jaunasis Žemaitis įstojo į Karo mokyklą Kaune – jaunuolis norėjo tapti artilerijos karininku. Jau 1929 m. spalio 6 d. ši svajonė išsipildė – Jonas Žemaitis buvo pakeltas į jaunesniuosius leitenantus, o lapkričio 23 d. tapo leitenantu. 1936 m. išlaikęs konkursinį egzaminą, buvo išsiųstas studijuoti į artilerijos mokyklą Prancūzijoje. Baigęs mokslus užsienyje, į tėvynę grįžo 1938 m. vasarą ir buvo paskirtas 1-ojo artilerijos pulko skyriaus vadu. Netrukus jam buvo suteiktas kapitono laipsnis. Greitai po to jis apdovanotas Nepriklausomybės medaliu. 1939 m. J. Žemaitis perkeltas į Žemaitijoje dislokuotą 4-ąjį artilerijos pulką Šiauliuose.

1940 m. rugpjūčio 30 d. LSSR Liaudies Komisarų Tarybai nutarus performuoti „Liaudies kariuomenę“ į Raudonosios armijos 29-ąjį šaulių korpusą, J. Žemaitis pateko į 184-osios divizijos 617-ąjį artilerijos pulką ir buvo paskirtas pulko mokyklos viršininku.

Nors krašte vyravo niūrios nuotaikos, J. Žemaičio gyvenimą praskaidrino septyneriais metais jaunesnė Elena Valionytė, kurią netrukus jis vedė. Po vedybų atskirtas nuo šeimos išbuvo neilgai ir paleistas iš tarnybos grįžo į Lentvarį. Rugpjūčio mėnesį šeima persikraustė į Kauną, ten J. Žemaitis įsidarbino Kauno energetikos valdyboje durpių gavybos techniku.

1941 m. gruodžio mėnesį gimė sūnus Jonas Laimutis. Trijų asmenų šeimai okupuotame Kaune buvo itin sunku išsilaikyti, todėl 1942 m. birželį jie grįžo į tėviškę ir J. Žemaitis pradėjo dirbti Šiluvos žemės ūkio kooperatyvo vadovu. 1943 m. Šiluvos vikaras Antanas Kazlauskas J. Žemaitį pakvietė į valsčiaus komitetą, kuris būrė patriotiškai nusiteikusius žmones. 1944 m. gen. Povilui Plechavičiui suorganizavus Vietinę rinktinę, kurią sudarė 150 vyrų, J. Žemaitis tapo šios rinktinės 310-ojo bataliono vadu. Vokiečiams išformavus rinktinę, J. Žemaičiui pavyko išlikti nesuimtam, tačiau nuo šiol prasidėjo nelegalus jo gyvenimas.

1945 m. J. Žemaitis buvo paskirtas Žebenkšties rinktinės štabo viršininku ir pasirinko Dariaus slapyvardį.

1947 m. gegužę J. Žemaitis buvo išrinktas Jungtinės Kęstučio apygardos vadu. Suprasdamas, kad spauda yra svarbesnė už ginklą, parengė nurodymą dėl spaudos platinimo, atliko organizacinius partizanų struktūrų pertvarkymus, ragino nedalyvauti okupacinės valdžios rinkimuose. 1948 m. gegužę Jungtinės Kęstučio, Prisikėlimo ir Žemaičių apygardos nutarė susijungti į stambesnį laisvės kovos sąjūdžio organizacinį vienetą, pavadintą Jūros vardu. J. Žemaitis buvo paskirtas šios Vakarų Lietuvos partizanų srities (Jūros) vadu ir netrukus ėmėsi organizuoti vieningą partizanų vadovybę. Tais pačiais metais pasirinko Vytauto slapyvardį.

1949 m. jis sušaukė visos Lietuvos partizanų vadų suvažiavimą, jame buvo paskelbta apie vieningos pasipriešinimo organizacijos – Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio (LLKS) įkūrimą, priimta politinė deklaracija, kurioje konstatuota, jog LLKS Taryba yra aukščiausiasis tautos politinis organas, vadovaujantis politinei ir karinei tautos išlaisvinimo kovai, kad būtų atkurta nepriklausoma demokratinė respublika. Masinis ginkluotas pasipriešinimas tapo gerai organizuota karine struktūra, vykdančia Lietuvos valstybės savigyną prieš agresorių – Sovietų Sąjungą.

J. Žemaitis vieningai buvo išrinktas LLKS Tarybos prezidiumo pirmininku, jam suteiktas laisvės kovotojo – partizano generolo laipsnis. Vadovaujant J. Žemaičiui buvo parengti pagrindiniai LLKS programiniai dokumentai, numatyta veiklos strategija. Stigo organizuotumo ir spaudos, todėl J. Žemaitis nutarė apkeliauti visas Lietuvos partizanų sritis ir apygardas, taip norėdamas sustiprinti kovotojų dvasią ir surinkti reikalingą informaciją. Provokacijos ir išdavystės plito visoje Lietuvoje, tad 1950 m. J. Žemaitis nutarė LLKS Tarybos prezidiumą išskaidyti į tris sekcijas ir šitaip apsaugoti jį nuo visiško sunaikinimo.

Nuolat gyvenant sekinančiomis sąlygomis, jaučiant didelę įtampą ir atsakomybę J. Žemaičio sveikata ėmė silpnėti ir 1951 m. gruodžio mėnesį jis sunkiai susirgo. 1952 m. sausio 30 d. jis pasirašo aktą: „Šiandien dėl ligos nustojau vykdyti pareigas.“ Slaugomas M. Žiliūtės slėpėsi Jurbarko rajone Šimkaičių miško bunkeryje. 1953 m. pasitaisius sveikatai, vėl ėmė eiti buvusias pareigas, nutarė atkurti ryšius su užsieniu.

1953 m. gegužės 30 d. bunkeris, kuriame slapstėsi J. Žemaitis, buvo išduotas. Įmetus migdomųjų dujų granatą per vėdinimo angą, mėginta išvengti taip ilgai ieškoto „pogrindžio prezidento“ savižudybės ir po sėkmingos operacijos J. Žemaitis buvo suimtas. Birželio 23 d. gavus specialų įsakymą iš Maskvos, J. Žemaitis buvo nugabentas į Maskvą pas Lavrentijų Beriją ir ten tardomas. Atsisakius padėti MVD organams, 1954 m. birželio 1 d. prasidėjo teismas, kuriame J. Žemaitis buvo nuteistas – jam paskirta mirties bausmė ir konfiskuotas turtas. Nuosprendis įvykdytas 1954 m. lapkričio 26 d. Maskvos Butyrkų kalėjime.

Beveik po penkiasdešimt metų užmirštas J. Žemaitis grįžo į Lietuvos istoriją ir visuomenės sąmonę. 1995 m. apie J. Žemaitį buvo sukurtas dokumentinis filmas „Ketvirtasis Prezidentas“. 1997 m. vasario 14 d. (po mirties) jis apdovanotas Vyčio kryžiaus pirmojo laipsnio ordinu, tų pačių metų gruodžio 22 d. jam pripažintas Kario savanorio statusas, o 1998 m. sausio 28 d. suteiktas dimisijos brigados generolo laipsnis.

2009 m. kovo 12 d. Lietuvos Respublikos Seimas pripažino Joną Žemaitį kovojusios su okupacija Lietuvos valstybės vadovu, faktiškai vykdžiusiu Respublikos Prezidento pareigas.