Lietuvos pasipriešinimo sovietiniam okupaciniam režimui veikėjas.

1941 m. baigė Raseinių gimnaziją. Per nacių Vokietijos okupaciją dirbo Raseinių apskr. viršininko sekretoriumi. 1944 m. įstojo į Vietinę rinktinę. Naciams rinktinę išformavus, grįžo į gimtinę. Sovietams antrą kartą okupavus Lietuvą, gyveno pas tėvus Anžilių k. Nuo 1944 m. spalio mėn. dirbo mokytoju Raseinių apskr. Raseinių vls. Gervinių kaime, o nuo 1944 m. gruodžio mėn. pabaigos – Minionių pradinėse mokyklose. 1945 m. kovo 4 d. buvo suimtas ir įkalintas Vokietijoje, tačiau nesudarius bylos buvo išvežtas į Pamaskvio anglies baseino Tulos kasyklas. 1946 m. vasarą kartu su keturiais tautiečiais sėkmingai pabėgo. Gyveno nelegaliai, dirbo Raseinių gimnazijoje. 1947 m. rudenį buvo trumpam suimtas, bet paleistas tapo partizanu. 1949–1951 m. Kęstučio apygardos vadas, 1951 m. Vakarų Lietuvos srities vadas.

1952 m. sausio 29 d. paskirtas LLKS tarybos pirmininko pavaduotoju. 1952 m. vasarą įkūrė Vyčių sąjungą, vienijusią legaliai gyvenusius antisovietinio pasipriešinimo dalyvius. Vidaus kariuomenei apsupus bunkerį, kuriame A. Bakšys slapstėsi, nusišovė. 1997 m. gruodžio 22 d. Pasipriešinimo dalyvių (rezistentų) teisių komisija A. Bakšiui suteikė kario savanorio statusą. Lietuvos Respublikos Prezidento 1999 m. gegužės 19 d. dekretu jam suteiktas pulkininko laipsnis.