Lietuvos pasipriešinimo sovietiniam okupaciniam režimui veikėjas, kunigas (1934), vienuolis marijonas.
Gimė 1909 m. Kauno apskr. Ariogalos vls. Pagynėvio kaime. 1934 m. baigė Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos‑filosofijos fakultetą. Nuo 1940 m. Marijampolės apskr. Skardupių parapijos klebonas; 1940–1944 m. pastatydino bažnyčią, kleboniją, parapijos namus. Daugeliui žmonių padėjo slapstytis nuo nacistinės ir sovietinės valdžios persekiojimų (tarp jų – žydams). 1945 m. būdamas Suvalkijos ginkluoto pogrindžio vadų autoritetu, paskatino įkurti Tauro apygardą; tapo apygardos kapelionu, Sanitarijos skyriaus viršininku ir apygardos štabo Ūkio skyriaus viršininku. 1945 m. rudenį, su kitais, įkūrė Lietuvos išlaisvinimo komitetą (LIK).
1945 m. naktį iš spalio 21 į 22 d. kun. A. Ylius buvo suimtas. Kalintas Marijampolėje, LSSR MGB vidaus kalėjime Vilniuje. 1946 m. liepos 14 d. Karo tribunolo nuteistas 10 metų lagerio ir 5 – tremties. Išvežtas į lagerį 1946 m. gruodžio 24 d. Kalėjo Kargopolio (RSFSR Archangelsko sr.), Karagandos (Kazachijos SSR) ir Vorkutos (Komijos ASSR) lageriuose. Nuo 1955 m. vasario 17 d. – tremtinys Vorkutoje. Paleistas 1956 m. gegužės 10 d. (kitur – 1955 02 17), 1956 metais grįžo į Lietuvą.
Po tremties dirbo įvairiose Lietuvos parapijose (Raseinių, Radviliškio, Šiaulių rajonuose). Buvo persekiojamas, šmeižiamas, 1961–1966 m. jam atimta teisė atlikti kunigo pareigas, dirbo medkirčiu. Pablogėjus sveikatai, 1987 m. paskirtas altarista Šiaulių Šv. Petro ir Povilo bažnyčioje. Yra aprašęs rezistencijos eigą. 1994 m. liepos 8 d. mirė Šiauliuose. Palaidotas Marijampolės marijonų kapinėse.
1990 m. kovo 14 d. reabilituotas. 1998 m. lapkričio 18 d. Lietuvos Respublikos Prezidento dekretu A. Ylius apdovanotas Vyčio kryžiaus 2-ojo laipsnio ordinu (dabar – Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro didysis kryžius) (po mirties). 2015 m. balandžio 24 d. Pasipriešinimo (rezistentų) teisių komisijos jam pripažintas kario savanorio statusas, 2015 m. gegužės 11 d. Krašto apsaugos ministro įsakymu suteiktas majoro laipsnis.
