P. Daukšys gimė  valstiečių šeimoje. 1928–1929 m. tarnavo kariuomenėje Jonavoje, 1930–1936 m. dirbo staliumi Marijampolėje. 1935 m. įstojo į komunistų partiją, dirbo pogrindyje: organizavo susirinkimus, platino spaudą. 1936–1937 m. už komunistinę veiklą kalėjo sunkiųjų darbų kalėjime Kaune, vėliau dirbo įvairius darbus Marijampolėje. 1938 m. vėl areštuotas ir išsiųstas į darbo stovyklą Kretingos apsk. 1942–1944 m. tarnavo Lietuviškojoje divizijoje specialioje kuopoje. 1945–1960 m. dirbo įvairiose valstybinėse įstaigose. 1940–1947 m. LTSR Aukščiausiosios Tarybos deputatas.