Atgaivino ir modernizavo novelės žanrą. 1948 m. baigė Balčių pradinę, 1950 m. – Nemakščių septynmetę, 1954 m. – Viduklės vidurinę mokyklą. 1954–1955 m. – Balčių klubo-skaityklos vedėjas. 1959–1969 m. dirbo „Literatūros ir meno“ redakcijoje. 1960 m. Vilniaus universiteto Istorijos ir filologijos fakultete baigė lietuvių kalbą ir literatūrą. 1969–1977 m. dirbo „Girių“, 1980–1990 m. „Pergalės“, 1991–2001 m. „Metų“ redakcijose. 1990–1991 m. „Pergalės“, 1991–1994 m. „Metų“ vyr. redaktorius, 1995–2001 m. „Metų“ prozos skyriaus vedėjas. 1980–1990 m. Lietuvos rašytojų sąjungos mėnraščio „Pergalė“, 1991–1994 m. „Metų“ redakcinės kolegijos narys. Nuo 1998 m. buvo LR Nacionalinių literatūros ir meno premijų komiteto narys. Nuo 1967 m. priklausė Lietuvos rašytojų sąjungai, nuo 1990 m. buvo jos valdybos narys. Nuo 1972 m. gyveno ir kūrė etnografiniame Zervynų kaime. Palaidotas Antakalnio kapinėse.

J. Aputis – iškiliausias sovietinio laikotarpio modernios psichologinės novelės autorius, tęsęs Jono Biliūno prozos tradiciją. Novelėms būdinga asociatyvūs vaizdai, lyrinė pasaulėjauta, subtili veikėjų psichologinė analizė. Moralinės atramos ieškoma tautos tradicijose, kaimo gyvensenoje, veikėjus vienija egzistencinis nerimas, dvasinės harmonijos ilgesys.

Išvertė V. Bykovo, A. Čechovo, J. Trifono ir kt. rusų rašytojų kūrinių.