Keramikas, pedagogas, karo lakūnas. Gimė 1899 m. rugsėjo 17 d. Skardupio k. (dabar Latvija), mirė 1988 m. balandžio 7 d. Kaune; palaidotas Petrašiūnų kapinėse.
Sūnus Algimantas Mikėnas, sesuo Akvilė Mikėnaitė, brolis Juozas Mikėnas.
I Pasaulinio karo metais su šeima pasitraukė į Viazmą (Rusija). 1918 m. grįžo į Skardupį. 1919 m. mobilizuotas į Lietuvos kariuomenę. Tarnavo aviacijos daliniuose; leitenantas (1928 m.), majoras (1939 m.), eskadrilės vadas. 1924–1929 m. mokėsi Kauno meno mokyklos Bendrajame skyriuje. 1934 m. dalyvavo trijų lėktuvų „Anbo-IV“ skrydyje aplink Europą.
1940 m. pasitraukė iš aviacijos, pradėjo dėstyti Kauno dailės institute. II Pasaulinio karo metais dirbo Kauno keramikos dirbtuvėse. Nuo 1944 m. dėstė Kauno taikomosios ir dekoratyvinės dailės institute, 1946 m. ten eksternu baigė keramiką. Nuo 1951 m. Lietuvos dailės instituto (dabar Vilniaus dailės akademija) dėstytojas; profesorius (1977 m.).
LSSR nusipelnęs meno veikėjas (1959 m.). LSSR liaudies dailininkas (1969 m.). Tarpukariu apdovanotas ordinais: LDK Vytauto Didžiojo 5 laipsnio, LDK Gedimino 5 laipsnio, Čekoslovakijos 5 laipsnio Baltojo liūto, Italijos 6 laipsnio Karūnos ordinu.
Parašė vadovėlius „Aviacijos varikliai“ (1934 m.), „Dailiosios keramikos technologija“ (1967 m.), monografiją „Liudvikas Strolis“ (1960 m.).
J. Mikėnas kūrė dekoratyvinės keramikos dirbinius (dekoratyvinės lėkštės „Naktinis skridimas“, „Žalias paukštis“ – abu 1947 m.; „Žuvys“, 1961 m.; „Rudens lapai“, 1946 m.), keramikos kūrinius interjerams, buitinę keramiką („Žvakidė“, 1949 m.; „Lempos gaubtas“, 1950 m.; stalo lempos, 1955 m.). Didelį dėmesį skyrė plastinei kūrinių formai, siluetui, dekoravimo saikingumui, technologijos meistriškumui. Nepralenkiamo meistriškumo keramikas pasiekė naudodamas redukcinės technikos žvilgančias ir matines glazūras. Sukūrė daugybę įvairių vazelių ir vazų („Vaza su driežiukais“, 1944 m.; „Rutulinė vaza“, 1949 m. „Vaza su dangčiu“, 1955 m.). Jiems dekoruoti dažniausiai naudojo lietuvių liaudies dailės augalinius motyvus. Keramiko sukurti indai yra originalūs, monumentalių formų, paprastų proporcijų, savito ir gražaus silueto, funkcionalūs.
Nuo 1941 m. dalyvavo parodose.
Kūrinių yra Lietuvos dailės muziejuje, Nacionaliniame M. K. Čiurlionio dailės muziejuje.
