Baigė Peterburgo kunigų seminariją, bet kunigu netapo, o ėmė dirbti vaistinėje, vėliau mokytojavo. 1915 m. baigęs Vilniaus karo mokyklą, tarnavo Rusijos kariuomenėje (nuo 1917 m. – lietuvių batalione, suformuotame Vitebske), dalyvavo Pirmojo pasaulinio karo mūšiuose.

Po Lietuvos nepriklausomybės atgavimo grįžęs į tėvynę, J. Čaplikas įstojo į Lietuvos kariuomenę, buvo pėstininkų pulko vadas. 1920 m. dalyvavo malšinant Kauno įgulos sukilimą. Mūšiuose su lenkais buvo patekęs į nelaisvę, du kartus bandė bėgti.

1923 m. apleido tarnybą kariuomenėje, mokytojavo Žiežmarių vidurinėje mokykloje, vėliau tapo šios mokyklos direktoriumi. Buvo Kėdainių, Trakų, Kauno apskričių karo komendantas.

1928 m. grįžo į kariuomenę, buvo pėstininkų pulko vadas, nuo 1934 m. – Kauno įgulos viršininkas. Vėliau užsitarnavo ir generolo leitenanto laipsnį. J. Čaplikas buvo griežtas sau ir, kaip rašo istorikas Jonas Vaičenonis, kėlė aukštus reikalavimus karininkams: „tautiškai nusistatęs, mylįs gimtąjį kraštą, karo ir bendrųjų žinių turi daug ir jas gilina, stipraus būdo, drąsus, drausmingas, laipsnį gauti nori vien sąžiningu darbu, santykiuose su valdiniais tarnyboje griežtas, teisingas, privatiniame gyvenime draugas. Savo gyvenime tvarkingas, visuomenė jį brangina kaip didelės vertės asmenį, sudaro grynai lietuvišką šeimą.“

XVII Juozo Tūbelio vyriausybėje (1935–1938) ėjo vidaus reikalų ministro pareigas. Jam teko malšinti valstiečių sukilimus 1935–1936 metais.

Kaip tautininkų sąjungos narys 1936–1940 m. dirbo IV Seime.

1940 m. pabaigoje buvo Tarybų valdžios suimtas, kalintas Kaune, Maskvoje. Maskvos kalėjime nužudytas 1941 m. liepos 30 d.