1944–1951 m. studijavo tapybą LSSR valstybiniame dailės institute (dabar Vilniaus dailės akademija) pas Antaną Gudaitį.

1952–1972 m. dirbo LSSR Glavlito vyr. redaktoriumi, 1977–1980 m. dėstė piešimą ir tapybą Vilniaus inžinerinio statybos institute (dabar Gedimino technikos universitetas), 1980–1988 m. dirbo Lietuvos dailės institute, nuo 1988 m. profesorius. 1987 m. tobulinosi Latvijos dailės akademijoje.

Nuo 1964 m. Lietuvos dailininkų sąjungos narys, grupės „Individualistai“ narys.
Nuo 1951 m. dalyvavo respublikinės, sąjunginėse ir užsienio parodose. 1963–1997 m. surengė asmeninių parodų Lietuvoje, Rusijoje, Lenkijoje, Vokietijoje, JAV.

Priklauso Lietuvos tapytojų kartai, kuri nuo 7 deš. plėtojo modernistinę raišką, kūrybai įtakos turėjo fovizmas. Skiriamuoju stiliaus bruožu tapo dekoratyvūs grynų spalvų deriniai (mėlynos, žalios, raudonos ir geltonos), kontūrinis piešinys, laisvas, ekspresyvus potėpis. Dekoratyvi formų stilizacija artima lietuvių liaudies menui. Ankstyvuoju kūrybos laikotarpiu dominavo dinamika, ekspresija, vėlyvosios drobės santūresnės. 

Kūrė įvairius tapybos žanrus, daugiausia dėmesio skirdamas peizažui ir natiurmortui. Sukūrė figūrinių kompozicijų, portretų, aktų. Natiurmortuose naudojo liaudies meno skulptūrėlių, verbų motyvus, gėles. Peizažuose dominavo gamtos, kaimo, Vilniaus motyvai, kuriuose suabstraktinti motyvai perteikiami kartais fragmentiškai, kartais panoramiškai („Vilniaus panorama“, 1960; „L. Stuokos – Gucevičiaus gatvė“, 1963; „Medžiai rudenį“, 1969; „Vilniaus gotika“, 1970; „Palūšė“, 1973; „Vakaras uoste“, 1980; „Aukštaitija“, 1986; „Kompozicija Nr. 2“, 1992; „Siluetai“, „Paslaptingas vakaras“, abu 1994).

1999 m. sukurtas dokumentinis filmas iš ciklo „Menininkų portretai“ (aut. J. Matonis, V. Damaševičius), 2017 m. išleista monografija „Jonas Čeponis. Spalvingas žvilgsnis į pasaulį“.

Įvertinimas: 

1976 m. LSSR nusipelnęs meno veikėjas, 

1984 m. LSSR valstybinės premijos laureatas,

1986 m. LSSR liaudies dailininkas.

Kūrinių yra įsigiję Lietuvos nacionalinis dailės muziejus, Nacionalinis M. K. Čiurlionio dailės muziejus, MO muziejus (buvęs Modernaus meno centras), Rokiškio krašto muziejus, Ludwigo muziejus Kelne, Diuseldorfo dailės muziejus,  (Vokietija), Bydgoščiaus dailės muziejus (Lenkija), Valstybinė Tretjakovo galerija Maskvoje (Rusija), Haidusagi muziejus (Vengrija), Karališkoji menų akademija Londone (Didžioji Britanija), Bulgarijos, Latvijos, Prancūzijos dailės muziejai.

Lietuvių.