1854 m. priimtas į bajorų luomą. Mokėsi Vilniuje (1857–1859 gimnazijoje, 1859–1863 bajorų institute). Už dalyvavimą 1863 m. sukilime paimtas į rekrūtus ir išsiųstas į Omską. 1869–1883 m. politinis tremtinys. 1871–1885 m. gyveno Irkutske ir Rusijos geografų draugijos pavedimu surengė keletą ekspedicijų į Rytų Sibirą, darė geologinius, paleontologinius, antropologinius, meteorologinius tyrimus, rinko mineralų ir fosilijų kolekcijas. 1873–1875 m. tyrė Rytų Sajaną, ypač urvus (J. Čerskis – pirmasis lietuvių urvų tyrinėtojas, ištyrė ir aprašė Nižneudinsko, Balagansko urvus ir juose rastas fosilijas).

1877–1880 m. tyrė Baikalą (sudarė pirmąjį jo krantų geologinį žemėlapį), 1881 m. – Selengos baseiną. Nuo 1885 m. dirbo Sankt Peterburgo mokslų akademijos zoologijos muziejuje. Sudarė pirmąjį geologinį pjūvį nuo Uralo iki Baikalo.

1891 m. surengė mokslinę ekspediciją į Šiaurės rytų Sibirą; tyrė Indigirkos, Kolymos baseinus. Peržiemojęs prie Verchnekolymsko, 1892 m. plaukė į Kolymos žemupį. Ten ir mirė. Paskelbė apie 100 mokslo darbų iš zoologijos, geologijos, archeologijos.

Lietuvių.