Mokėsi Marijampolės gimnazijoje, Kauno ir Romos aukštosiose mokyklose. Eidamas mokslą dalyvavo moksleivių ir studentų ateitininkų organizacijos veikime, palaikė ryšius su kaimo jaunimu, Pavasarininkų organizacija. Dar lankydamas gimnaziją, savo gyvenimą susiejo su Marijonų vienuolija. Jo akyse vienuolynas išaugo, išplėtė savo veiklą ir atliko nemažą darbą, vykdydamas religinę misiją, keldamas švietimą ir auklėdamas jaunąją kartą. Ir velionis buvo prisidėjęs prie visų šių darbų. Baigęs mokslus, kun. J. Aleksa ėjo Kauno kunigų seminarijos dvasios tėvo ir profesoriaus pareigas. Praūžus karo audrai buvo vienas iš tų, kurie ėmėsi iniciatyvos atgaivinti kunigų seminarijos darbą. Atleistas iš profesoriaus pareigų, jis kurį laiką važinėjo iš Kauno aptarnauti Tabariškių parapijos bažnyčios. Paskirtas tos parapijos klebonu. 

Daug laiko praleido prie rašomosios mašinėlės. Parengė nemažai religinės literatūros. Parašė kelias pamokslų knygas („Išpažintis“, „Ateikite pas mane visi“ ir kt.). Išvertė iš prancūzų kalbos A. Hillaire „Religija ir krikščionybė“, G. Hunermano „Dievo partizanas“ ir kt.