Tapytojas. Gimė 1956 m. gegužės 29 d. Kaune, mirė 2005 m. gegužės 14 d. Tbilisyje (Gruzija); palaidotas Romainių kapinėse Kaune.

Tapytojos Aušros Barzdukaitės-Vaitkūnienės vyras.
1967–1974 m. mokėsi Kauno dailės mokykloje, 1974–1980 m. studijavo tapybą Lietuvos dailės institute (dabar Vilniaus dailės akademija).
1980–1983 m. dirbo dėstytoju Kauno Stepo Žuko taikomosios dailės technikume, 1983–1985 m. – vyresniuoju asistentu M. K. Čiurlionio dailės muziejaus Parodų skyriuje, 1985–1993 m. – mokytoju Kauno dailės mokykloje, nuo 1992 m. – dėstytoju Kauno dailės institute, nuo 1995 m. – Dailės pagrindų katedros vedėju pastarojoje įstaigoje; profesorius (2003 m.).
Nuo 1990 m. Lietuvos dailininkų sąjungos, nuo 1992 m. grupės „Angis“ narys.
Yra gavęs Lipės žemės Kultūros instituto, Austrijos kultūros ministerijos, Pollock-Krasner fondo stipendijas.
Kūryboje tęsė europietiškosios ir lietuviškosios ekspresionistinės tapybos tradiciją. Portretuose („Močiutė“, 1982 m.; „Justino Mikučio portretas“, 1984 m.) dramatiškai išryškino išsekintą kūną, deformuodamas pavidalus, tiršta faktūra ir intensyviomis achromatinėmis spalvomis kasdieniams motyvams suteikė dramatizmo („Namas Slobotkėje. Kaunas“, 1989 m.). Išgarsėjo apleistų, yrančių laiptinių paveikslais („Laiptinė“, 1987 m.; „Laiptinė su elektros lempute“, 1995 m.). A. Vaitkūno peizažuose, natiurmortuose balansuojama tarp realybės ir abstrakcijos, dažnai susipina tikrovė ir menininko vidinė būsena. Nutapė abstrakčių paveikslų ciklą su išdidintu gestiniu potėpiu („Sakelio ežeras“, 1993 m.; „Jausmai“, 2005 m.), sukūrė piešinių, objektų, instaliacijų. 
Parodose pradėjo dalyvauti 1980 m.
Kūrinių yra Nacionaliniame M. K. Čiurlionio dailės muziejuje, Lietuvos dailės muziejuje, MO muziejuje.