1939 m. baigė Nachičevanės pedagoginį technikumą. 1939–1941 m. mokėsi Azerbaidžano industrinio instituto Architektūros fakultete (nebaigė dėl prasidėjusio karo). 1957 m. baigė Azerbaidžano S. Kirovo vardo valstybinio universiteto Istorijos fakultetą. Nuo 1990 m. Azerbaidžano Aukščiausiosios tarybos deputatas, 1991–1993 m. Nachičevanės autonominės respublikos Aukščiausiojo Medžliso pirmininkas, Azerbaidžano Respublikos Aukščiausiosios tarybos pirmininko pavaduotojas; 1992–1993 m. – partijos „Eni Azerbaidžan“ pirmininkas; 1993 m. birželio 15 d. – išrinktas Azerbaidžano Respublikos Aukščiausiosios Tarybos pirmininku, o nuo liepos 24 d. pradėjo vykdyti Azerbaidžano Respublikos Prezidento pareigas. 1993 m. spalio 3 d. oficialiai išrinktas Azerbaidžano Respublikos Prezidentu, 1998 m. spalio mėn. rinkimuose, gavęs 76,1 proc. balsų, Prezidentu tapo antrai kadencijai.  Po H. Alijevo mirties naujuoju Azerbaidžano prezidentu tapo jo sūnus Ilhamas Alijevas.