„Šaltinis“ buvo leidžiams Seinuose 1906–1914 m. Žurnalui spausdinti buvo įkurta lietuviška spaustuvė – „Laukaitis, Dvaranauskas, Narjauskas ir bendrovė“. Pirmasis numeris pasirodė 1906 m. kovo mėnesį. Leidinys buvo skirtas plačiam viusomenės ratui ir siekė žadinti tautinę savimonę, kelti dorovės klausimus ir skaitytojų kultūrinį lygį. Buvo aptariami kasdienio gyvenimo reikalai, dedama nemažai informacijos apie Seinų, Punsko ir Suvalkų krašto kaimų kultūrinį pagyvėjimą. Daug vietos skirta švietimui, kalbos dalykams, žemės ūkio darbams, spausdinama grožinė literatūra.

1907 m. „Šaltinis“ tapo pagrindiniu lietuvių krikščionių demokratų periodiniu leidiniu. 1913–1914 m. jo tiražas tarp lietuviškų periodinių leidinių buvo didžiausias – 15 tūkstančių egzempliorių. „Šaltinį“ ir jo priedus „Šaltinėlį“, „Artoją“, „Vainiką“ įvairiu laiku redagavo K. Prapuolenis, J. Laukaitis, J. Vailokaitis, A. Civinskas, B. Stosiūnas.

Pagrindiniai „Šaltinio“ sumanytojai buvo Seinų seminarijos dėstytojai, kunigai Juozas Laukaitis, Vincas Dvaranauskas ir Jurgis Narjauskas. Žurnalui straipsnius rašė kun. Jonas Totoraitis, kun. Kazimieras Prapuolenis, Antanas Staugaitis, kun. Antanas Civinskas, agr. Vincas Totoraitis  ir kt. Grožinius kūrinius spausdino Vincas Mykolaitis-Putinas, K. Sakalauskas-Vanagėlis, Šatrijos Ragana, Lazdynų Pelėda, poetas Motiejus Gustaitis, L. Gira ir daugelis kitų.

Nutrūkus leidybai Seinuose, „Šaltinį“ bandyta reanimuoti Vilniuje 1915 m., o 1926 m. leidinys atkurtas Marijampolėje.