Tėvas buvo Lietuvos kariuomenės karininkas. Mokėsi Kėdainių pradžios mokykloje, o nuo 1934 m. lankė Kauno jėzuitų gimnaziją. Buvo aktyvus ir žingeidus, priklausė skautams. Su kitais skautais pagamino škunos „Birutė“ modelį. Skautiška patirtis pravertė jo tolimesniame gyvenime, kurį jis glaudžiai susiejo su jūra. Klaipėdos priemiestyje Smiltynėje 1936 m. įsteigus Buriavimo mokyklą, V. Bagdanavičius su draugais skautais valtimis upe atplaukė iki Klaipėdos, kad išmoktų buriavimo paslapčių. 1937 m. vasarą jau buriavo Baltijos jūroje ir su kitais buriuotojais jachta pasiekė Gotlando salą. Rudenį valstybė skyrė V. Bagdanavičiui stipendiją mokslams Abo Navigacijos institute. Jis atliko privalomą jūrinę praktiką garsiajame barke „Moshulu“, kuris priklausė paskutiniajam didžiųjų burlaivių savininkui Gustavui Eriksonui. Bendradarbiaudamas su Suomijos jūreivystės mokyklomis, G. Eriksonas į savo laivus priimdavo įvairių tautybių jaunus praktikantus, siekiančius šturmano ir jūrų kapitono licenzijų. 1937–1939 metais V. Bagdonavičius dukart apiplaukė Žemės rutulį. Tarpukario Lietuvos marinistinėje spaudoje pateikiamos ištraukos iš jo kelionių dienoraščio su intriguojančiais lietuvio jūreivio gyvenimo laive ir įspūdžių Afrikos bei Australijos krantuose aprašymais. Baigus praktiką burlaivyje, reikėjo išklausyti paskaitų kursą ir išlaikyti teorinius egzaminus. Prasidėjus karui, V. Bagdanavičius persikėlė į Švediją ir 1940 m. baigė Karališkąją jūrininkų mokyklą ir įgijo artimojo plaukiojimo laivavedžio teises. 1941 m. plaukiojo su Lietuvos garlaiviu „Šiauliai“. Vokietijai užpuolus Sovietų Sąjungą, „Šiauliai“ iš Rygos plukdė žmones į Leningradą. Laivas buvo apšaudytas iš lėktuvo ir pradėjo skęsti. Įgula evakuota ir kitu garlaiviu pasiekė Leningradą, ten V. Bagdanavičius buvo suimtas. Jūreivis, plaukiojęs su Suomijos burlaiviu, sovietų agentams atrodė įtartinas. Vytautas pateko į kalėjimą, iš kurio nebegrįžo.