1900 m. baigė Vilniaus kilmingųjų mergaičių gimnaziją. Mergina turėjo gražų balsą, giedojo Šv. Rapolo bažnyčios chore. Namuose buvo kalbama lenkiškai, bet Marija greitai išmoko lietuvių kalbą, pradėjo domėtis lietuvių draudžiama spauda.
Marija Šlapelienė aktyviai dalyvavo „Vilniaus aušros“ draugijoje, kultūros draugijos „Rūta“ veikloje. 1904 m. pradėjo dirbti lietuviškame knygyne, veikusiame prie „Vilniaus žinių“, redakcijoje (dabar – Lietuvos nacionalinės filharmonijos patalpos). Čia ji susipažino su Jurgiu Šlapeliu ir 1905 m. susituokė. Aktyviai dalyvavo Vilniaus kultūriniame gyvenime. 1905 m. vaidino Keturakio komedijoje „Amerika pirtyje“, 1906 m. išgarsėjo kaip pirmosios kompozitoriaus Miko Petrausko lietuviškos operos„Birutė“ pagrindinio vaidmens atlikėja.  

1906 m. Marija ir Jurgis Šlapeliai Vilniuje, Pociejų rūmuose (dabar Dominikonų g. 11) įkūrė savo knygyną, kuris veikė iki 1945 m. Tai seniausias lietuviškas knygynas Vilniuje. M. Šlapelienės lietuvių knygynas buvo vienas iš bastionų ginant lietuvių teises ir kultūrą Vilniuje bei Vilnijos krašte. Knygynas ne tik prekiavo, bet ir leido knygas. Buvo išleistas ir šio knygyno katalogas. Ne kartą knygyne buvo daromos kratos, savininkė baudžiama nuobaudomis, keliamos bylos. Karo metais, kai dauguma M. Šlapelienės giminių pasitraukė į Rusiją, Marija liko Lietuvoje, savo mylimame Vilniuje, nes, kaip yra sakiusi, „Su Lietuva ir Vilniumi skirtis, vis vien kaip žengti į kapus.“ Kai 1949 m. knygynas buvo uždarytas, dalis knygų pateko į tuometinius Knygų rūmus, dalis – į Lietuvos mokslines bibliotekas.

M. Šlapelienė mirė Vilniuje 1977 m., palaidota šalia savo vyro Jurgio Šlapelio Vilniaus Rasų kapinėse. 1979 m. ant kapo pastatytas skulptoriaus Antano Kmieliausko sukurtas paminklas – atversta knyga.

1970 m. M. Šlapelienė testamentu visą turtą paliko dukteriai Gražutei Šlapelytei-Sirutienei. Savo testamento vykdytoja paskyrė kultūros veikėją Almą Gudonytę (1930–2010), kuri turėjo pasirūpinti namu ir muziejinėmis vertybėmis. Lietuvai atgavus nepriklausomybę, buvo atkurta dukters nuosavybės teisė į tėvų namą. Jos lėšomis namas buvo restauruojamas. 1991 m. M. ir J. Šlapelių name, kurį jie nusipirko 1926 m., buvo įkurtas Marijos ir Jurgio Šlapelių namas-muziejus (Pilies g. 40, Senamiesčio seniūnija). 1994 m. muziejus atvertas lankytojams. Prie šio namo pritvirtinta memorialinė lenta.

2004 m. ant namo, kuriame 1906–1949 m. veikė Marijos Šlapelienės lietuvių knygynas (Dominikonų g. 11, Senamiesčio seniūnija), buvo atidengtamemorialinė lenta, skirta lietuviškos spaudos šimtmečiui paminėti (skulpt. Andrejus Zubkovas).