1941 m. Lietuvoje vien per 5–6 mėnesius žydų buvo nužudyta daugiau nei 130000, išnaikinti beveik visi provincijos žydai – nuo 77000 iki 100000. Aukos buvo šaudomos duobėse, kartais jų pačių rankomis iškastose, toliau nuo žmonių akių esančiose žydų kapinėse ar miškuose. Vokietijai okupavus Lietuvą, naciai išnaudojo esamą savivaldos struktūrą, į žydų naikinimą įtraukdami vietos gyventojus: valdininkus, tarnautojus, pareigūnus, ypač vietos policiją, bei eilinius žmones, perleisdami jiems akcijų rengėjų ar ir vykdytojų vaidmenį.
Reguliariems šaudymams naciai išnaudojo besikuriančius lietuviškus batalionus – Kaune besiformuojantį Tautos darbo apsaugos (TDA) batalioną, už kurio formavimą buvo atsakingas pulkininkas Andrius Butkūnas. Pastarąjį po mėnesio pakeitė majoras Kazys Šimkus. Žudynėse Kauno fortuose dalyvavo TDA bataliono 1-oji ir 3-oji kuopos. Vykdant itin dideles naikinimo akcijas, tokias kaip VII Kauno forte, dalyvaudavo beveik visas batalionas, pasižymėjęs nematytu žiaurumu.
Daugumą provincijoje įvykdytų žydų žudynių vykdė SS obersturmführerio Joachimo Hamanno „skrajojantis“ būrys (Rollkommando Hamman). Būtent TDA bataliono 3-oji kuopa buvo skiriama žudynėms. J. Hammano „skrajojantis“ būrys būdavo suformuojamas konkrečiai akcijai vykdyti iš kelių vokiečių gestapininkų ir kelių dešimčių TDA policininkų. J. Hamannas dažnai net nevykdavo į žudymo akcijas provincijoje, jis tik paskirdavo užduotis karininkams – Anatolijui Dagiui, Juozui Barzdai, Broniui Norkui.
Vilniuje tokią veiklą vykdė Ypatingasis būrys. Jo organizatoriai buvo jaunesnieji leitenantai Jakubka ir Butkus. Nuo 1941 m. liepos 23 d. būriui vadovavo Juozas Šidlauskas. Būrys buvo pavaldus vokiečių saugumo policijai ir vykdė jos nurodymus. Ilgiausiai būrį šefavo Martinas Weissas. Daugiausiai žmonių šis būrys sušaudė 1941 m., kai vos ne kasdien vykdavo į Panerius. Ypatingas būrys žudė ne tik Paneriuose, bet ir kituose Rytų Lietuvos vietovėse. 1941 m. nuo rugsėjo 1 d. iki lapkričio 25 d. Ypatingasis būrys Paneriuose sušaudė 18898 žmones, o kitose Vilniaus apygardos vietovėse – 13501 žmogų, kurių absoliuti dauguma buvo žydai.
Sovietų saugumas persekiojo TDA bataliono karius. Daug buvusių bataliono karių už dalyvavimą masinėse žudynėse buvo nuteisti mirties bausme. 1961 m. rugsėjo 25 d. 1-osios kuopos kariai Pranas Matiukas, Jonas Palubinskas, Boleslovas Čirvinskas, Aleksas Raižys, Leonas Mecius, Juozas Kopūstas, Klemensas Skabickas buvo teisiami ir vėliau sušaudyti.

Nacių Vokietijai okupavus Lietuvą, iš laikraščių puslapių sklido nuožmi antisemitinė agitacija, okupacinis režimas skelbė antižydiškus potvarkius ir, kas baisiausia, vyko masiniai ir sistemingi
žydų šaudymai, kuriuose dalyvavo ir nemažai vietos talkininkų. Tačiau ir tais žiauriaisiais laikais, kuomet buvo pamintos visos žmogiškos vertybės, kai aplink tvyrojo neapykanta ir priešiškumas, atsirado žmonių, kurie neliko abejingi – ištiesė pagalbos ranką nekaltai persekiojamiems ir žudomiems žmonėms.
Teisuolių žygdarbį galima įvertinti tik prisiminus nežmoniškus tų laikų įstatymus: ne tik už žydų slėpimą, bet ir menkiausią pagalbą grėsė mirties bausmė.
1963 m. Jad Vašem pradėjo visame pasaulyje paplitusį projektą – suteikti Pasaulio Tautų Teisuolio vardusnežydams, kurie rizikuodami gyvybe gelbėjo žydus per Holokaustą. Teisuolių vardai įamžinami Atminimo kalvoje Jeruzalėje. Žmogui, pripažintam Pasaulio Tautų Teisuoliu, įteikiamas Garbės raštas ir medalis. Jei Teisuolio nebėra tarp gyvųjų, šis apdovanojimas įteikiamas jo artimiausiems giminaičiams. Iki 2013 m. liepos 23 d. 861 Lietuvos piliečiai yra pripažinti Pasaulio Tautų Teisuoliais.
Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, Lietuvos Respublikos Prezidentas, minint Lietuvos žydų Genocido aukų atminimo dieną, apdovanoja žydų gelbėtojus Žūvančiųjų gelbėjimo kryžiais.
Valstybinio Vilniaus Gaono žydų muziejaus siūlymu Lietuvos Respublikos Prezidentas kiekvienais metais, rugsėjo 23-ąją, minint Lietuvos žydų Genocido aukų atminimo dieną, apdovanoja žydų gelbėtojus Žūvančiųjų gelbėjimo kryžiais. 1992–2012 m. laikotarpiu šis Lietuvos valstybės apdovanojimas įteiktas 1199 žydų gelbėtojams.

Sovietmečiu senosios žydų kapinės tapo niekam nereikalingos. Paminkliniai akmenys pradėti naudoti ūkyje ar kaip statybinė medžiaga. Žydiško antkapio dalis, iš kurio buvo pagamintas gąlastuvas. Rasta Anykščių rajone, vienos sodybos tvartelyje. Žmonės pasakoja, kad iki 1972 m. kai į sodybą atsikėlė naujas šeimininkas, joje gyveno žmogus, prisidėjęs prie žydų žudynių.