Fanios Jocheles šeima, 1939 m. Vilniuje.

1 eilė: Fania (išgyveno Holokaustą) ir sesuo Riva (nužudyta Štuthofe), maža mergytė Hinda (sušaudyta Paneriuose).

2 eilė iš kairės: teta Tema (Hindos mama, sušaudyta Paneriuose), teta Ester (sušaudyta Paneriuose), dėdė Vulfas (sušaudytas Paneriuose), senelė Gisia (sušaudyta Paneriuose), dėdė Dovidas (sušaudytas IX forte), teta Eta (sušaudyta Paneriuose).

3 eilė iš kairės: Boruchas (Temos vyras, sušaudytas Paneriuose), teta Niusia (evakuavosi į Sovietų sąjungą, mirė Maskvoje apie 2005 m.), dėdė Moišė (Niusios vyras, "Jung Vilne" narys, sušaudytas Paneriuose), mama Rachelė (nužudyta Kaizervalde, Latvija), tėvas Benjamin (nužudytas Kloogoje, Estija), Ester Jocheles-Bulkina (sušaudyta Paneriuose), dėdė Hirš (Ester Bulkinos vyras, sušaudytas Paneriuose).

Iki Antrojo pasaulinio karo Lietuvoje gyveno apie 220 000 žydų. Beveik kiekviename miestelyje ar gyvenvietėje buvo įsikūrusi žydų bendruomenė.
1941 m. vasarą ir rudenį Lietuva tapo pirmuoju nacių sumanyto vykdyti genocido – totalinio Europos žydų fizinio naikinimo – bandomuoju lauku. Per šį laikotarpį buvo išžudyta apie 80 procentų Lietuvos žydų. Provincijos žydai, pagal nacių nurodymus, lydimi vietinių policininkų, kalėjimo tarnautojų, buvusių baltaraiščių ir savanorių sugulė apie 250-yje masinių žudynių vietų šalia savo namų – duobėse, miškuose, senose žydų kapinėse ir laukuose. Viskas vyko organizuotai ir operatyviai, pagal numatytą planą: žydų identifikavimas, izoliavimas, žudymas. Getai, o kartais tik laikinos izoliacijos vietos, buvo kuriami visuose Lietuvos valsčiuose nuo 1941 m. liepos mėn. iki spalio mėn. pradžios, kai buvo priimtas sprendimas likviduoti žydus provincijoje.
Vokiečių saugumo policijos ir SD vado SS standartenführerio K. Jägerio 1941 m. gruodžio 1 d. ataskaita apie įvykdytas žudynes Lietuvoje, SS brigadeführerio F. W. Stahleckerio raportas apie operatyvinės grupės A veiklos metodus ir rezultatus, policijos departamento direktoriaus Vytauto Reivyčio aplinkraštis policijos viršininkams suimti žydų tautybės asmenis ir perduoti juos vokiečiams bei policijos nuovadų viršininkų atsakymai apie šio įsakymo vykdymą, kiti archyviniai dokumentai yra svarbiausi šaltiniai apie Lietuvos ir kitų šalių žydų bendruomenių sunaikinimo eigą.
Lietuvos žydų sunaikinimo programos branduolį sudarė intensyvus provincijos žydų bendruomenės naikinimas iki 1941 m. rudens pabaigos. Maždaug 120 000 žydų buvo nužudyti per 4 savaičių laikotarpį (1941 m. rugpjūčio pab.–rugsėjo pab.). Žudynės kulminaciją pasiekė 1941 m. spalio 29 d., kai naciai ir jų vietiniai pagalbininkai Kauno IX forte sušaudė beveik 10 000 Lietuvos žydų. SS pareigūno, vokiečių saugumo policijos ir SD vado Lietuvoje K. Jägerio 1941 m. gruodžio 1 d. raporte nurodyta, kad nuo 1941 m. liepos 4 d. jo nurodymu „skrajojantis“ SS obersturmführerio Joachimo Hamanno būrys kartu su vietiniais talkininkais Lietuvoje sušaudė 137 346 žmones (iš kurių – 9 585 asmenis Daugpilyje ir 3 050 asmenų Minske).
Pagal K. Jägerio raportą, Lietuvos provincijoje (išskyrus didžiuosius miestus – Vilnių, Kauną, Šiaulius ir Panevėžį) 1941 m. buvo nužudyti 65967 žydai. Tačiau į K. Jägerio raportą neįtrauktos Kretingos, Mažeikių, Telšių, Tauragės, Vilkaviškio (išskyrus 1941 m. lapkričio 15 d.) ir Šiaulių apskrities (išskyrus 1941 m. rugpjūčio 27 d. Joniškio ir 1941 m. spalio 2 d. Žagarės) žydų žudynės.
Dauguma K. Jägerio ataskaitoje sušaudytųjų yra žydai, tačiau čia taip pat yra duomenų apie sušaudytus lietuvius, komunistus (lietuvius, lenkus, rusus), karo belaisvius, romų tautybės asmenis.

Lenkijos karaliaus ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Žygimanto Senojo privilegija, kuria jis patvirtina turimas teises Trakų žydams ir suteikia naujų. Gardinas, 1507 m. lapkričio 16 d.
Lotynų kalba, raudono vaško 34 mm skersmens Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės mažasis antspaudas su vaško kiautu, prikabintas vyšninių siūlų pynute. Pergamentas, 27 x 47,3 + 9,5 cm

Pirmosios LDK žydams suteiktos privilegijos buvo lokalios, galiojusios konkrečiame mieste, o visuotinių privilegijų, taikytų visiems LDK žydams, radosi tik XVI a. pradžioje. Tradicija, kad žydų bendruomenės vadovavosi ir bendresnėmis visuotinėmis, ir lokaliomis, vietos aktualijas labiau aptariančiomis privilegijomis, išliko visą LDK laikotarpį.

Pirmuoju rašytiniu šaltiniu, rodančiu ne tik žydų, bet jau ir organizuotos jų bendruomenės veikimą, o ir faktinio žydų įsikūrimo įrodymu, LDK pripažįstama 1388 m. Vytauto suteikta privilegija Brastos žydų bendruomenei. Po metų Vytautas suteikė privilegiją Gardine įsikūrusiems žydams, be kitų dalykų patvirtindamas jiems taip pat ir Brastos žydams suteiktas teises.

Vilniaus Didžioji Sinagoga – svarbiausias Lietuvos žydų dvasinis ir kultūrinis centras nuo XVI a. pabaigos iki XX a. penktojo dešimtmečio, kai sovietų valdžios nurodymu ji buvo nugriauta.

Nuo 1573 m. žydų bendruomenė Vilniuje galėjo turėti savo maldos namus. Tai buvo didelis įvykis Vilniaus žydų gyvenime. Pagal vyravusią tradiciją maldos namai buvo vienas svarbiausių ir reikšmingiausių dvasinių, kultūrinių ir mokslo židinių. Nėra žinių kaip atrodė pirmoji Vilniaus sinagoga. Vladislovas IV Vaza savo 1633 m. privilegija leido pastatyti mūrinę sinagogą, tačiau laikantis visų apribojimų, kurie galiojo Abiejų Tautų respublikoje, Vilniaus Didžioji sinagoga buvo 25 m ilgio, 22,3 m – pločio ir 12,1 m aukščio. Taigi beveik kvadrato formos. Dar 2 metrus buvo įleista į žemę. Šie žydų maldos namai savo dydžiu ir puošnumu pranoko visas Abiejų Tautų respublikoje pastatytas sinagogas. Kai kurie autoriai teigia, kad į ją tilpdavo keli tūkstančiai žmonių. Mūrinė sinagoga buvo renesanso architektūros stiliaus.

Aplink Didžiąją sinagogą pamažu buvo formuojamas mažų sinagogų ir maldos namų (iš viso apie 11-13 pastatų) masyvas, į kurį įsiliejo garsioji Matijaus (Matitjahu) Strašuno biblioteka. Šventovių apsuptas kiemas su ritualine pirtimi (mikva) ir visuomeniniu šuliniu buvo vadinamasis „šulhoif“.Šiam kompleksui priklausė ir Gaono maldos namai.

Iki XVIII a. pabaigos Vilniaus Didžiąją sinagogą siaubė 1655-1661 metais Vilnių okupavę rusai ir 1748 bei 1749 metų gaisrai. Tačiau, nepaisant stichinių nelaimių ir kitų nepalankių veiksnių, šioje šventovėje išliko dauguma meno kūrinių ir brangenybių, kurias buvo paukoję turtingesni bendruomenės nariai. Pirmojo pasaulinio karo metu nemaža dalis daiktų iš sinagogos buvo išvežta į Rusiją.
Pagal inžinieriaus Leonido Vinerio parengtą 1893 m. projektą įvyko dalinis Vilniaus sinagogos perstatymas arba, kitaip sakant, pritaikymas naujoms sąlygoms. Šiaurės vakarų pusėje, moterų galerijoje buvo iškirstos angos, padarytas naujas įėjimas, padidintos kai kurios patalpos. Taip sutvarkyta sinagoga išstovėjo iki Antrojo pasaulinio karo. Karo metu buvo gana smarkiai apgriauta: išliko tik sienos ir kai kurie interjero elementai. Tokios būsenos šventovę buvo įmanoma nesunkiai atstatyti. Tačiau sovietinė valdžia pagal naująjį generalinį 1953 m.Vilniaus planą, Didžiąją Vilniaus sinagogą 1955 –1957 m. visiškai sunaikino.

Vilniaus Gaonas – Elijas, Šloimės Zalmano sūnus (Elijahu ben Šlomo Zalman; 1720–1797), – tapo XVIII a. legenda.  Jo vardas Vilnių pavertė  Rytų Europos žydų tradicinės kultūros centru. Vilniaus Gaonas daugiausia dėmesio skyrė Toros ir Talmudo tekstų pirminės prasmės atskleidimui. Jis tapo XVIII a. žydų mąstytoju, Toros ir Talmudo mokovu bei komentuotoju, Šventraščio studijavimo metodų reformuotoju. Iki jo visas žydų mokymasis buvo tik Toros ir Talmudo studijavimas, kuriam žydai vyrai pašvęsdavo visą savo gyvenimą. Gaonas pabrėžė šios tradicijos svarbą, tačiau teigė, kad, norint geriau pažinti šventraščius, būtina išmanyti ir matematiką, ir istoriją, mokėti kitas kalbas. Jis atkreipė dėmesį į pasaulietinius mokslus, o tai galima prilyginti įprastos žydiškos mąstysenos revoliucijai. Vis dėlto, nors jis ir inicijavo mokslo darbų vertimą į hebrajų kalbą, nepasitikėdamas žvelgė į Haskalos, arba Žydų apšvietos, judėjimą, galintį išklibinti tradicinių žydų vertybių sistemą. Vilniaus Gaonas aktyviai priešinosi ir į Lietuvos žydų gyvenimą besiskverbiančiam chasidų judėjimui, pasak jo, taip pat keliančiam grėsmę tradiciniam judaizmui.

Vilniaus Gaono palikimas įspūdingas: parašė komentarus beveik visoms Toros ir Talmudo dalims, studijavo ir raštu komentavo įvairių sričių mokslo darbus – trigonometrijos, astronomijos, geografijos, medicinos ir kt., parašė trumpą hebrajų kalbos gramatiką. Jam mirus per pusę šimto Vilniaus Gaono darbų jo sūnaus bei mokinių buvo parengti ir išspausdinti. Vilniaus Gaonas, savo laikmečio legenda, darė įtaką žydų kultūriniam gyvenimui net XIX–XX a. 1997 m. minint 200-ąsias Vilniaus Gaono mirties metines Valstybinis žydų muziejus pavadintas šio XVIII a. žydų išminčiaus vardu.

1925 metais įkurtas A.Vivulskio g.  18 (A. Wiwulskiego) JIVO (Žydų mokslo institutas) labai greitai tapo didžiausia pasaulyje žydų mokslo įstaiga. Institutas  išplėtojo didžiulį tyrimo darbą iš esmės visose jidiš kultūros srityse - istorijos, kalbotyros, literatūros, tautosakos, ekonomikos, statistikos, psichologijos, pedagogikos; jis vykdė sociologinius tyrimus. Vėliau buvo įsteigta aspirantūra, rengusi jidiš kultūros tyrinėtojus.
Vienas iš instituto idėjos autorių, organizatorių ir jo ilgametis vadovas buvo žymiausias to meto jidiš filologas, pirmasis jidiš profesorius Amerikoje (gyveno JAV nuo 1939 m.) Maksas Vainraichas.
JIVO Garbės prezidiumo nariais tarp kitų buvo Albertas Einšteinas, Zigmundas Froidas, vienas II Internacionalo teoretikų ir vadovų Eduardas Bernšteinas.
Institute buvo sudarytos 4 mokslo sekcijos – filologijos, istorijos, ekonomikos ir statistikos, psichologijos ir pedagogikos. Jose dirbo žymiausi mokslininkai, gyvenę ne tik Vilniuje, bet ir Varšuvoje, Berlyne, Rygoje, Paryžiuje, Niujorke. Kiekviena sekcija skelbė savo tyrimų rezultatus leidinyje „Šriftn fun jidišn visnšaftlechn institut“ (JIVO darbai). Nuo 1931 m. buvo leidžiamas mėnesinis mokslinis žurnalas „JIVO bleter“ (JIVO puslapiai).  Institutas sukaupė didžiulius visame pasaulyje leidžiamų knygų, žurnalų, laikraščių jidiš kalba lobius (daugelyje šalių veikė JIVO rėmimo draugijos). Archyve buvo surinkta didžiulė laikraščių kolekcija, portretų rinkinys, teatro istorijos muziejus ir t.t.
Tarpukario Lenkijos Respublikos valdžia instituto nepalaikė finansiškai, todėl lėšas rinko „JIVO bičiulių draugijos“, veikusios daugelyje valstybių. Kai kurios iš šių draugijų (Varšuvoje, Niujorke, Paryžiuje) iš esmės tapo Vilniaus JIVO filialais, vykdė savarankiškus mokslinius tyrimus. Antrojo pasaulinio karo metais, kai darbas Lietuvoje buvo nebeįmanomas, JAV filialas tapo JIVO centru. Čia persikėlė M. Vainraichas ir iki mirties 1969 m. jam vadovavo. JIVO Niujorke ir dabar veikia kaip vienas svarbiausių jidiš  kultūros tyrimų centras. Kitas JIVO filialas veikia Buenos Airėse (Argentina).

1927–1929 m. žydų rašytojų, kūrusių jidiš kalba, ir dailininkų avangardo sambūris „Jung Vilne“ galutinai susitelkė kūrybiškai bendradarbiauti ir 1929 m. spalio 11 d.  Vilniaus dienraščio „Vilner tog“ (Vilniaus diena) numeryje paskelbė pirmąją kolektyvinę rašytojų publikaciją „Der arainmarš fun Jung Vilne in der jidišer literatur“ (Jaunojo Vilniaus triumfo žygis į jidiš literatūrą). Sambūrio ištakos sietinos su mokslo draugų, poetų ir žurnalistų Šloimės Beilio bei Šimšono Kahano vardais. Ne vienas Jung Vilne poetas įkvėpimo ir patirties sėmėsi iš didžio poeto Moišės Kulbako.
Sambūrio narių kūryboje akcentuojama socialinė bei politinė problemika, vyrauja katastrofizmo motyvas. Tiek „Jung Vilne“ rašytojų kūrybos problemika, tiek meninė jos raiška atskleidžia modernizmo, ypač ekspresionizmo, estetiką. Tarp sambūrio literatų yra ir tokių, kurių kūryba priskirtina realizmo srovei, neretai sumišusiai su natūralizmo elementais.
Ilgainiui sambūrio sudėtis kito ir pagaliau nuo 1934 m. ėmė nusistovėti. „Jung Vilne“ sambūrio branduoliu tapo rašytojai Leizeris Volfas, Šimšonas Kahanas, Moišė Levinas, Elchananas Vogleris, Chaimas Gradė, Šmerelis Kačerginskis, Perecas Miranskis, Hadasa Rubin, Abromas Suckeveris ir dailininkai Bencionas Michtomas, Rachelė Suckever, Šeina Efron. Šiuo veiklos periodu nepakeičiamu sambūrio varikliu tapo Š. Kačerginskis: rūpinosi, kad sambūris neiširtų, ieškojo lėšų išleisti grupės almanachus, kurių išėjo trys (1934, 1935, 1936 m.), rašytojų kūrybos rinkinius. „Jung Vilne“ kūryba drauge su Kauno žydų rašytojais buvo spausdinama almanachuose „Naje bleter“ (Nauji lapai, 1939) ir „Bleter“ (Lapai, 1940). Savo ruožtu dailininkai B. Michtomas ir R. Suckever iš peties darbavosi iliustruodami kolegų kūrybos rinkinius, sambūrio almanachus. Iš viso „Jung Vilne“ sambūriui per visą jo gyvavimo laikotarpį priklausė apie tris dešimtis kūrėjų.
„Jung Vilne“ veiklą nutraukė Antrasis pasaulinis karas. Vienus pirmųjų naciai nužudė Š. Kahaną, B. Michtomą ir M. Leviną. Sovietų Sąjungoje mirė L. Volfas. Sambūrio nariai, išgyvenę Holokaustą, kūrybinę veiklą po karo individualiai tęsė Niujorke, Paryžiuje, Tel Avive, Toronte. Holokaustą išgyvenę Š. Kačerginskis ir A. Suckeveris kovojo pasipriešinimo naciams būriuose ir vėliau sistemino sunkiomis geto sąlygomis išsaugotą Lietuvos žydų kultūros palikimą. Tai jų dėka šiandien Valstybinio Vilniaus Gaono žydų muziejaus fonduose saugomi „Jung Vilne“ sambūrio ir kitų Lietuvos žydų kultūros reiškinių artefaktai. Ch. Gradė ir A. Suckeveris karui pasibaigus pelnė pasaulinę kūrybinę šlovę.

1941 m. birželio 22 d. prasidėjus karui, sovietinė kariuomenė traukėsi į Sovietų Sąjungos gilumą. Vokiečių kariuomenė Vilnių užėmė 1941 m. birželio 24 d. rytą. Tą pačią dieną ėmė veikti Vilniaus miesto ir srities piliečių komitetas (pirmininkas Vilniaus universiteto doc. Stasys Žakevičius). Birželio 25 d. komitetas kartu su Vilniaus miesto vokiečių komendantu plk. ltn. Karlu von Ostmanu pasirašė įsakymą dėl karo padėties įvedimo Vilniuje. Vidaus reikalų valdytojui Kostui Kalendrai buvo paskirta organizuoti savivaldybes ir policiją Vilniaus srityje (Vilniaus, Švenčionių ir Trakų apskrityse).
Vilniaus miesto policijos vadu buvo paskirtas Antanas Iškauskas. Mieste vyko žiaurūs ginkluoti pogromai, lietuvių baltaraiščių siautėjimai prieš komunistus ir žydus, smurtas, patyčios ir suėmimai. 1941 m. birželio 26 d., vadovaujantis Vilniaus miesto karo vado K. von Ostmano įsakymu Nr. 1 viešajai tvarkai Vilniaus mieste užtikrinti, buvo suimti ir į Vilniaus sunkiųjų darbų kalėjimą patalpinti 60 žydų ir 20 lenkų (liepos 21 d. vokiečių pareigūnai suimtuosius žydus sušaudė Titnago g., šalia Panerių miško). Žydus kaip įkaitus naciams galėjo padėti suimti Valstybės saugumo Vilniaus apygardos, kitų lietuviškų valdžios įstaigų pareigūnai.
Iki civilinės vokiečių valdžios paskelbimo 1941 m. rugpjūčio mėn. aukščiausiaja okupacine valdžia Lietuvoje buvo karinė administracija. 1941 m. liepos mėnesį buvo leidžiami antisemitiniai įsakymai, kuriuos tuoj pat kartojo Lietuvos valdžios organai. Įsakymai buvo skelbiami oficialiuose informaciniuose vokiečių leidiniuose (pvz., Amtsblatt des Generalkommissars in Kauen) ir tapdavo viešais įstatymais.
1941 m. liepos 4 d. mieste buvo išplatintas komiteto pirmininko S. Žakevičiaus ir Vilniaus miesto policijos vado A. Iškausko pasirašytas skelbimas, pagal kurį, remiantis vokiečių komendanto K. von Ostmano 1941 m. liepos 3 d. įsakymu, visi žydai privalėjo ant krūtinės ir nugaros nešioti skiriamuosius ženklus – geltonos medžiagos skritulius su raide „J“ (Jude), ir įsigaliojo draudimas vaikščioti gatvėse nuo 18 val. iki 6 val. Žydus diskriminuojančių įsakymų ir nurodymų gausėjo – liepos 5 d. žydams apribotas maisto produktų pirkimas, uždrausta gydytis pas gydytojus nežydus ir bendrosiose ligoninėse, buvo konfiskuojamos transport priemonės. Gyvenimas žydams kiekvieną dieną darėsi vis sunkesnis. Vokiečių pareigūnai, gestapininkai, lietuvių policininkai ir Ypatingojo būrio nariai be jokios priežasties suiminėjo žydus gatvėje ir namuose.

Nuo Lietuvos okupacijos pradžios žydams buvo nustatomi įvairūs suvaržymai bei nurodyta nešioti atpažinimo ženklus. 1941 m. birželio 25 d. karo komendanto K. von Ostmano skelbime nurodyta, kad visi žydai nuo 10 metų amžiaus privalo nešioti ant rankovės baltą raištį su geltona 10 cm Dovydo žvaigžde arba geltonu lopu. To paties von Ostmano 1941 m. liepos 3 d. įsakymu, visi žydai nepaisant amžiaus nuo liepos 8 d. privalo ant krūtinės ir nugaros nešioti skiriamuosius ženklus – geltonos medžiagos skritulius su raide „J“ (Jude). Rugpjūčio 2 d. Vilniaus miesto komisaras Hansas Hingstas išleido privalomą nutarimą Nr. 1, pagal kurį visi žydai buvo įpareigoti ant kairės krūtinės pusės ir nugaros nešioti geltoną Dovydo žvaigždę. Šis ženklas buvo nešiojamas visą geto egzistavimo laikotarpį.
Nuo 1943 m. vasario 7 d. Vilniaus gete buvo vykdoma kalinių perregistracija ir išduodami nauji asmens dokumentai bei numerėliai. Numerėliai buvo pagaminti iš paprastos skardos, apvalūs.  Juose buvo iškalta Dovydo žvaigždė, o jos trijuose kampuose raidės WG (Vilniaus getas) bei W arba M (moteris arba vyras). Viršuje buvo skylutė virvelei. Numerėlį buvo draudžiama nusiimti nuo kaklo ir dieną, ir naktį.

Prieš Antrąjį pasaulinį karą Vilniuje gyveno apie 57 tūkstančiai žydų. 1941 m. birželio 24 d. Vilnių užėmė vokiečiai. 1941 m. rugpjūčio pabaigoje miesto komendantas H. Hingstas gavo Ostlando reicho komisaro H. Lohses nurodymą įsteigti getą toje miesto dalyje, kurioje gyveno daugiausiai žydų. Nutartą getą steigti senamiestyje. Žydai į getą perkelti 1941 m. rugsėjo 6 d.
Vilniaus žydai buvo apgyvendinti dviejuose getuose: Mažajame (Antokolskio ir Žydų gatvės, dalis Gaono ir Stiklių gatvių) ir Didžiajame (Ašmenos, Dysnos, Ligoninės, Mėsinių, Rūdninkų, Strašuno, Šiaulių gatvės, dalis vienos pusės Arklių, Karmelitų, Lydos ir Pylimo gatvių). Į Didijį getą suvaryta apie 29 tūkstančiai, į Mažąjį – apie 9 tūkstančiai žmonių. Gyventojų pertekliaus problemą naciai „sprendė“ masinėmis žudynėmis, stengiantis palikti gete tik darbingus žydus, o kitus sunaikinti.
Pirmoji akcija gete surengta rugsėjo 15 d. Tuomet suimti žydai buvo sušaudyti rugsėjo 17 d. – 1271 aukos. Kita akcija gete įvykdyta spalio 1 d. per Jom Kipur dieną. Jos metu suimta apie 2000-2300 žydų, kurie po kelių dienų sušaudyti Paneriuose. Visą spalio mėnesį gete vyko įvairios akcijos. Paskutinė buvo spalio 30 d., po jos Mažasis getas buvo likviduotas ir Vilniuje liko tik vienas – Didysis getas. Akcijos tęsėsi toliau lapkričio bei gruodžio mėnesiais. Taigi 1941 m. gruodžio pabaigoje Vilniaus gete liko tik pusė jo gyventojų - apie 20 tūkstančių. Iš viso nuo okupacijos pradžios iki 1941 m. pabaigos nužudyta apie 33-34 tūkstančius Viniaus žydų.
Po masinių šaudymų gete 1941 m. gete prasidėjo vadinamasis stabilizacijos laikotarpis trukęs iki 1943 m. kovo mėn.
Įsteigus Vilniaus getą buvo įsteigta ir geto savivaldos institucija Žydų taryba (ją sudarė 5 žmonės). Tarybai buvo pavaldūs įvairūs skyriai – darbo, sveikatos apsaugos, socialinio aprūpinimo, maisto, butų, geto policija, teismas, paštas, mokyklos, ligoninė, vaistinė, dirbtuvės, pirtys, kirpyklos, biblioteka, teatras ir t.t. 1943 m. rugpjūčio mėn. geto administracijoje, išskyrus geto policiją, iš viso dirbo 888 asmenys. Geto policija oficialiai buvo pavaldi Žydų tarybai, tačiau ilgaainiui geto policijos viršininko J. Genso įtaka ir galia pranoko Žydų tarybos valdžią. 1942 m. liepos 12 d. Vilniaus miesto komisaro sprendimu Žydų taryba buvo paleista ir vienvaldžiu geto vadovu paskirtas J. Gensas.
Vilniaus geto stabilizacijos laikotarpis baigėsi 1943 m. balandžio mėn. kai dalis Švenčionių, Ašmenos ir kitų Rytų Lietuvos miestelių žydai buvo perkelti į Vilniaus getą, o kiti buvo sušaudyti Paneriuose. 1943 m. vasarą atėjo eilė Vilniaus geto stovyklų likvidavimui. Laipsniška paties geto likvidacija pradėta 1943 m. rugpjūčio mėn. palaipsniui kalinius perkeliant į nacių koncentracijos stovyklas Latvijoje ir Estijoje. Per akcijas rugpjūčio mėnesį išvežta apie 10-11 tūkstančių žmonių, gete liko apie 10-12 tūkstančių kalinių. 1943 m. rugsėjo 23 d. prasidėjo galutinis Vilniaus geto likvidavimo etapas. Dauguma suimtųjų moterų ir vaikų išvežti į Vokietijos koncentracijos stovyklas, keli šimtai sušaudyti Paneriuose, likusieji darbingi vyrai ir moterys išvežti į Estiją ir Latviją.

Užėmę Vilnių vokiečiai atkreipė dėmesį į nebaigtą statyti skysto kuro bazę, skirtą Raudonosios armijos įguloms, visai šalia Panerių geležinkelio stoties. Tuo metu buvo iškastos 7 duobės (3 duobės – 34 m skersmens, apie 9 m gylio ir 4 duobės – 12 m skersmens, apie 3 m gylio). Naciai nutarė jas panaudoti masinio žmonių naikinimo akcijoms.
Masiniai žydų areštai ir šaudymai prasidėjo 1941 m. liepos viduryje. Suimtieji buvo varomi į Lukiškių kalėjimą, o po kelių dienų gabenami į Panerius ir ten sušaudomi vokiečių saugumo policijos ir SD Ypatingojo būrio (Sonderkommando) narių.
Daugumą narių sudarė lietuviai, tačiau buvo ir keli rusai bei lenkai. Ypatingasis būrys buvo pavaldus tik vokiečių saugumo policijai ir vykdė pastarosios pareigūnų nurodymus. Ilgiausiai Ypatingąjį būrį šefavo SS-Hauptscharfiureris Martinas Weissas. Jis ne tik komanduodavo per šaudymus Paneriuose, bet ir pats dažnai pistoleto šūviais pribaigdavo sužeistas aukas.
Daugiausia žmonių Ypatingasis būrys sušaudė 1941 metais. Vien per liepos mėnesį buvo sušaudyta apie 5000 žmonių, rugpjūtį – apie 2000 žmonių. Iki 1941 m. pabaigos Paneriuose, pagal SS Standartenführerio Karlo Jägerio raportą buvo sušaudyta mažiausiai 21 000 žydų. Nuo 1942 m. žydai iš Vilniaus geto Paneriuose buvo naikinami nedidelėmis grupėmis. 1943 m. balandžio mėn., likviduojant mažuosius getus Vilniaus apskrityje, Paneriuose buvo sušaudyta apie 7500 žydų, rugsėjo 23 d. likvidavus Vilniaus getą – sušaudyta keli šimtai senelių ir ligonių. Nuo 1943 m. rugsėjo pabaigos iki lapkričio pradžios Paneriuose galėjo būti sušaudyta apie 1000 buvusių Vilniaus geto kalinių, bandančių pabėgti iš Vilniaus geto teritorijos.
Po geto likvidavimo Vilniuje pasiliko apie 3000 žydų “Kailio” ir “HKP” darbo stovyklose. 1944 m. kovo 27 d. “Kailio”, “HKP” stovyklose vyko vaikų akcija. Tik nedaugeliui pavyko išsigelbėti. 1944 m. liepos 2-3 d. minėtas stovyklas apsupo SS kariai, kurie susodino žydus į sunkvežimius ir nuvežę į Panerius sušaudė. Tomis dienomis buvo sušaudyta apie 2000-2300 žydų.
Prieš traukiantis iš Lietuvos, naciai ėmė skubiai likviduoti savo nusikaltimų pėdsakus. Speciali kalinių brigada, sudaryta iš Vilniaus geto kalinių ir karo belaisvių, turėjo ekshumuoti lavonus ir juos deginti. Dvylika degintojų (iš 80) 1944 m. balandžio 15 d., per 2,5 mėn. išsikasę apie 30 m ilgio požeminį tunelį, pabėgo. Vienuolikai pavyko pasiekti sovietinius partizanus.
1944 m. rugpjūčio mėn. Paneriuose dirbusi Ypatingoji valstybinė komisija nustatė, kad Paneriuose buvo nužudyta daugiau kaip 100 000 žmonių. Nuo tada imta oficialiai laikytis šios nuomonės. Manoma, kad žydų aukų skaičius galėjo siekti apie 70 000. Kitos aukos – Lietuvos vietinės rinkinės kariai, romų tautybės žmonės, lenkų pasipriešinimo judėjimo dalyviai, komunistai, sovietiniai karo belaisviai.

Paneriuose, šalia aptverto spygliuota viela miško, kur buvo žudomi žmonės, gyveno lenkų žurnalistas Kazimieras Sakovičius (Kazimierz Sakowicz). Sukrėstas to, ką matė, K. Sakovičius nuo 1941 m. liepos ėmė aprašinėti matytus įvykius ir faktus ant atskirų įvairaus formato popieriaus lapų. Pasak Sakovičiaus brolio Jono „namas, kuriame tada gyveno mano brolis buvo prie pat spygliuotų vartų, pro kuriuos vedė žmones šaudyti. Užlipęs į palėpę brolis pro langelį stebėdavo, kas vyko žudynių vietoje. Jis rašė dienoraštį, kurio lapus dėjo į butelius ir užkasdavo žemėje“. Tie buteliai pragulėjo žemėje daug metų ir dalimis 1948 m. bei 1956 m. buvo surasti. Išlikę dienoraščiai rašyti nuo 1941 m. liepos iki 1943 m. lapkričio. K. Sakovičiaus dienoraštyje fiksuotos žudynių datos ir nurodytas aukų skaičius yra papildomas šaltinis tikslinant žudynių faktus.
K. Sakovičius 1944 m. buvo atsitiktinai nušautas miške.