Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijos muziejus kaip savarankiška įstaiga įregistruota 2018 m., tačiau kaip akademijos struktūrinis padalinys muziejus pradėjo veikti gerokai anksčiau. 2006 m. jis tapo Lietuvos muziejų asociacijos asocijuotu nariu. 

Muziejus kaupia, saugo ir visuomenei pristato eksponatus, susijusius su Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijos istorija, populiarina Lietuvos kariuomenės bei Generolo Jono Žemaičio Lietuvos karo akademijos veiklą, prisideda prie kariūnų pilietinio ugdymo.